عندما تمرض الخلية، تتغير داخلَها وظيفة آلاف الجينات. ويريد العلماء أن يعرفوا أي جين أطلق هذه التغيرات. يعمل RevPert كمحقق يملك قاعدة من البصمات: فهو يقارن حالة الخلية بفهرس للجينات التي اعتاد الباحثون تعطيلها في المختبر، ثم يختار أقربها شبهًا.
في السابق كان الباحثون ينظرون ببساطة إلى الجينات التي تغيّرت أكثر من غيرها، ويشتبهون فيها. لكن هذا لا ينجح دائمًا: فقد يتغير الجين المسؤول الحقيقي تغيرًا ضعيفًا، بينما يتغير جين صاخب تغيرًا كبيرًا. أما RevPert فيقارن التحول كله ببصمات التعطيل. وهو يراعي الاتجاه أيضًا: فإذا كان تعطيل الجين يدفع الخلية عادةً في اتجاه، بينما تأخذها الحالة المرضية في الاتجاه المعاكس، نال ذلك الجين درجة منخفضة.
اختُبرت الطريقة على خلايا ذات تعطيلات معروفة: فقد وضع RevPert الجين الصحيح في رأس القائمة أكثر مما فعلت المقاربات القديمة. ثم طُبقت على خلايا سرطانية مقاومة للأدوية، فوجدت جينات كانت تفلت من الانتباه سابقًا. والآن يستطيع علماء الأحياء اختبار هذه الجينات في التجربة، بدل أن يستعرضوا آلاف الاحتمالات.
تذكّر كيف يبحث المحقق عن الجاني من البصمات: تفعل RevPert الشيء نفسه، لكن بدل الأصابع ملفات تعبير آلاف الجينات. وهي لا تكتفي بالبحث عن تطابق، بل تراعي اتجاه الانزياح، كأن المحقق يميز من ترك الأثر ممن محاه.
لم يُنشر على arXiv. هنا صفحته وملف PDF والصياغة الشكلية: يمكنك التحقق بنفسك، لا مجرد قراءة تحليلنا.