Il naquit sur l'île de Samos, voyagea beaucoup en Égypte et à Babylone, étudiant les savoirs secrets. Vers 530 av. J.-C., il fonda une communauté à Crotone (Italie du Sud), où il mena avec ses disciples des recherches scientifiques et philosophiques. L'école fut fermée après une révolte, et Pythagore lui-même mourut probablement à Métaponte.
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