Un manual de referencia grueso y de varios tomos es el genoma humano de referencia. Y los fragmentos de frases esparcidos sobre la mesa son los millones de fragmentos de ADN secuenciados. La tarea de un navegador como BWA-MEM es encontrar para cada fragmento su lugar exacto en el manual. Antes, el programa lo hacía de forma metódica pero lenta: revisaba cada párrafo, volvía a los pasajes dudosos y perdía tiempo en repeticiones irremediablemente enredadas.
[minibwa](https://github.com/lh3/minibwa) actúa de otra manera. Precarga las páginas necesarias (precarga durante la siembra), omite las verificaciones redundantes y no se atasca en zonas «basura» donde, debido a reordenamientos, la frase de todos modos no encontrará una coincidencia exacta. El resultado es que la búsqueda se acelera aproximadamente cuatro veces en comparación con el BWA-MEM original y el doble en comparación con su versión mejorada BWA-MEM2. La precisión se mantiene en el mismo nivel.
Este aumento de velocidad no es solo una comodidad. Cuando un análisis clínico requiere una respuesta urgente y el servidor zumba con miles de muestras, cada segundo cuenta. Minibwa reduce horas de cómputo a minutos y acerca el momento en que la secuenciación completa del genoma se convierta en rutina en un hospital normal.
El BWA-MEM original era tan lento que en algunos proyectos de secuenciación del genoma humano, el alineamiento tardaba más que la propia secuenciación del ADN.