Когда клетка заболевает, внутри неё меняется работа тысяч генов. Учёные хотят понять, какой ген запустил эти изменения. RevPert работает как детектив с базой отпечатков: он сравнивает состояние клетки с каталогом генов, которые уже умеют выключать в лаборатории, и находит самые похожие.
Раньше исследователи просто смотрели, какие гены изменились сильнее всего, и подозревали их. Но это не всегда работает: настоящий виновник может измениться слабо, а шумный ген — сильно. RevPert вместо этого сравнивает весь сдвиг с отпечатками отключений. Причём он учитывает направление: если отключение гена обычно толкает клетку в одну сторону, а болезнь уводит её в другую, такой ген получит низкий балл.
Метод проверили на клетках с известными отключениями: RevPert ставил нужный ген в начало списка чаще, чем старые подходы. Потом его применили к раковым клеткам, устойчивым к лекарствам, и он нашёл гены, которые раньше ускользали от внимания. Теперь биологи могут проверить эти гены в эксперименте, не перебирая тысячи вариантов.
Вспомните, как детектив ищет преступника по отпечаткам: RevPert делает то же самое, но вместо пальцев — профили экспрессии тысяч генов. При этом он не просто ищет совпадение, а учитывает направление сдвига, как если бы детектив различал, кто оставил след, а кто его стёр.
Работа опубликована не на arXiv. Здесь её страница, PDF и формализация: проверить можно самим, а не только прочитать наш разбор.