الضوء الذي يمر عبر الغاز يترك على الطيف خطوطًا داكنة رفيعة — آثارًا للامتصاص. جزيئات الأسيتونتريل، التي تشبه هوائيات صغيرة، لا تستجيب إلا لترددات محددة بدقة. لكن عندما تكون هذه الخطوط كثيرة ومتقاربة، تتداخل الإشارات مع بعضها، مثل أصوات في غرفة مزدحمة. ولهذا تبدأ الساعات القائمة على الجزيئات في الخطأ.
طبق العلماء حيلة ذكية: جعلوا الإشارة تبدو كثلاث نغمات تُعزف في وقت واحد، لكن بطبقات مختلفة قليلًا. هذا "الوتر" ساعد في تمييز الخط المطلوب وكبت الخطوط المجاورة. ونتيجة لذلك، حصلوا على إشارة نقية يمكن من خلالها تثبيت التردد بدقة تصل إلى جزء من مليار في الثانية.
هذه الدقة كافية لملاحظة انحراف الوقت في أنظمة الملاحة أو إجراء قياسات فائقة الحساسية. علاوة على ذلك، أتاح هذا الأسلوب رصد تأثير كان يضيع سابقًا في الضجيج، وهو ما يُعرف بمنخفضات لامب (Lamb dips). وهي قمم ضيقة في الطيف تنشأ لأن الجزيئات التي تتحرك باتجاه الضوء أو بعيدًا عنه تتفاعل مع الموجة بشكل مختلف.
الساعات التي لا تخطئ بسبب التشويش هي خطوة نحو معايير تردد محمولة. يمكن أن تجد مكانها في الأقمار الصناعية والمختبرات وحتى في معدات الاتصالات، حيث كل جزء من مليار من الثانية مهم.
الأسيتونتريل هو نفس المادة الموجودة في بعض مزيلات طلاء الأظافر، لكن في حالته الغازية تدور جزيئاته بدقة آلية الساعة.
في مسلسل «الفضاء» (The Expanse)، تزامن السفن الوقت باستخدام الساعات الذرية للقفز عبر البوابات؛ قد تجعل الساعات الجزيئية هذا التزامن أكثر موثوقية.