Deux chefs dirigent le même orchestre. L'un agite sa baguette rapidement, et la musique change toutes les quelques secondes. L'autre bouge à peine, mais son souffle lent impose le rythme général de toute la symphonie. Il en va de même dans l'océan Pacifique : une partie du vent déplace rapidement l'eau chaude, l'autre modifie lentement tout l'océan.
Auparavant, les scientifiques ne voyaient qu'un seul vent. Désormais, ils l'ont divisé en deux parties. La première partie est divergente : elle écarte l'eau, et l'eau chaude s'accumule rapidement près des côtes de l'Amérique du Sud. C'est cela, El Niño. La seconde partie est rotationnelle : elle fait tourner l'eau comme une cuillère dans une tasse, et agit très lentement. Cette partie lente engendre des vagues qui parcourent l'océan en 25 à 27 ans.
Lorsqu'une vague lente atteint le centre de l'océan, elle renforce ou affaiblit El Niño. C'est pourquoi certaines décennies apportent beaucoup d'El Niño forts, d'autres peu. Maintenant, connaissant les deux vents, les scientifiques peuvent mieux prévoir quand surviendra le prochain El Niño fort.
La première mention scientifique d'El Niño remonte à 1892, mais les pêcheurs péruviens connaissaient le courant chaud au large de leurs côtes à Noël depuis le XVIIe siècle et l'appelaient « l'enfant Jésus ».
Dans le roman de Kim Stanley Robinson « Quarante signes de pluie », des climatologues luttent contre les conséquences de changements brusques des courants océaniques, rappelant les changements de régime d'El Niño, qui y sont expliqués par une modulation lente de la stratification.