Le pâtissier décore le gâteau : il ne sculpte pas tout d'un coup, mais dépose le motif pas à pas, en tournant la douille selon l'angle voulu. C'est à peu près ainsi que fonctionne le nouveau modèle d'intelligence artificielle nommé Atomic Design Transformer (ADT). Il construit des molécules tridimensionnelles atome par atome, en choisissant à chaque fois quel élément ajouter et où exactement l'attacher — par rapport aux « voisins » déjà en place.
L'astuce, c'est que ADT n'est pas lié à un système de coordonnées global. Pour chaque nouvel atome, il utilise un référentiel local de l'un des atomes déjà placés — ce qui assure l'indépendance par rapport aux rotations et aux translations de la molécule entière (propriété que les physiciens appellent l'invariance SE(3)). Le réseau lui-même est conçu comme un transformeur causal classique — l'architecture à la base de nombreux modèles de langage, sauf qu'ici il ne prédit pas le mot suivant, mais l'atome suivant.
Les tests sur l'ensemble de données GEOM-Drugs ont montré qu'un même modèle entraîné peut travailler avec différents « squelettes » chimiques — du simple cycle benzénique aux hétérocycles à six chaînons (pyridine, pyrimidine, pyrazine) et même au furane et au thiophène. Le XVR variait de 11 % pour la pyrazine à près de 30 % pour le benzène — des chiffres modestes mais honnêtes pour la tâche de génération de molécules de type médicament. Par ailleurs, la qualité des liaisons et des angles individuels restait élevée même pour des molécules plus grosses (jusqu'à 50 atomes). La génération est rapide et la diversité des structures est correcte, ce qui fait de ADT un bon « générateur d'idées » pour la recherche de nouveaux médicaments.
Les molécules de l'ensemble GEOM-Drugs sont de véritables composés issus de bases de données, dont beaucoup sont déjà utilisés en pharmacie. ADT apprend de leur forme et peut proposer de nouvelles variantes, pas encore synthétisées.
Une approche similaire est décrite dans la nouvelle de Stanisław Lem « Moloch » : là, un ordinateur assemblait des molécules selon des propriétés données, jusqu'à créer un poison parfait.