Quand une cellule tombe malade, le fonctionnement de milliers de gènes change à l'intérieur d'elle. Les scientifiques veulent comprendre quel gène a déclenché ces changements. RevPert travaille comme un détective muni d'un fichier d'empreintes : il compare l'état de la cellule à un catalogue de gènes que l'on sait déjà désactiver au laboratoire, et il en sort les plus ressemblants.
Auparavant, les chercheurs se contentaient de regarder quels gènes avaient le plus changé, et les soupçonnaient. Mais cela ne marche pas toujours : le vrai coupable peut n'avoir que peu changé, tandis qu'un gène bruyant change énormément. RevPert, lui, compare tout le décalage aux empreintes des désactivations. Il tient même compte du sens : si la désactivation d'un gène pousse habituellement la cellule dans une direction et que la maladie l'entraîne dans la direction opposée, ce gène recevra un score faible.
La méthode a été testée sur des cellules dont les désactivations étaient connues : RevPert plaçait le bon gène en tête de liste plus souvent que les approches anciennes. On l'a ensuite appliquée à des cellules cancéreuses résistantes aux médicaments, et il a trouvé des gènes qui échappaient auparavant à l'attention. Les biologistes peuvent désormais vérifier ces gènes par l'expérience, sans passer en revue des milliers de possibilités.
Souvenez-vous de la façon dont un détective retrouve un criminel grâce à ses empreintes : RevPert fait la même chose, mais au lieu des doigts, ce sont les profils d'expression de milliers de gènes. Et il ne se contente pas de chercher une correspondance : il tient compte du sens du décalage, comme si le détective distinguait celui qui a laissé une trace de celui qui l'a effacée.
Non publié sur arXiv. Voici sa page, le PDF et la formalisation : vous pouvez vérifier vous-même, pas seulement lire notre analyse.