Dans une bibliothèque où sont conservées différentes éditions d'un même livre, on ne pouvait autrefois lire que des bouts de pages. C'est ainsi que fonctionnaient les anciennes méthodes : elles ne voyaient que de petits morceaux de molécules d'ARN et ne parvenaient pas à en reconstituer le texte complet d'un gène. Or, dans le cerveau humain, un gène peut exister en milliers de variantes, comme un livre en différentes traductions.
La plateforme SALRR ressemble à une chaîne de montage d'imprimerie. Le robot Hamilton prépare les échantillons, le programme informatique Snakemake assemble les longues lectures en transcrits complets. Auparavant, une personne traitait manuellement 8 échantillons par jour ; aujourd'hui, le robot en fait 24. Et surtout : il lit chaque molécule d'ARN en entier, et non par fragments.
Pourquoi est-ce important ? Les maladies du cerveau, comme la maladie d'Alzheimer, sont souvent liées non pas au gène lui-même, mais à la variante précise de ce gène qui s'exprime dans la cellule. Auparavant, ces variantes n'étaient pas distinguées. Désormais, le pipeline lit le livre en entier, et nous voyons toutes les éditions.
La longueur médiane de la queue poly(A) des transcrits nucléaires était de 143 nucléotides, tandis que celle des transcrits mitochondriaux n'était que de 41, ce qui reflète une particularité connue des ARNm mitochondriaux.
Dans le roman de Greg Egan « La Cité des permutants », la copie de la conscience exige le décodage complet des états moléculaires des neurones ; SALRR rapproche la réalité d'un tel niveau de détail, en montrant une diversité d'isoformes auparavant invisible.
Non publié sur arXiv. Voici sa page, le PDF et la formalisation : vous pouvez vérifier vous-même, pas seulement lire notre analyse.