Chaque automne, les saumons remontent le ruisseau Issaqua, pondent leurs œufs et meurent. L'eau emporte leurs traces moléculaires : des fragments d'ADN, des ARN à durée de vie courte et des marques chimiques qui changent avec l'âge, comme les cernes d'un arbre. Chaque semaine, les scientifiques prélevaient un litre d'eau et lisaient ces traces avec un appareil portable.
Au début, tout était limpide. L'ARN montrait que les poissons étaient vivants et actifs. Les marques sur l'ADN indiquaient qu'il s'agissait d'adultes. Les organismes pathogènes apparaissaient selon un calendrier précis : d'abord une bactérie, une semaine après le pic de frai, puis un champignon qui se multipliait sur les cadavres.
Mais ensuite, les traces ont commencé à se dégrader. L'ARN disparaissait quelques jours après la mort des poissons, car c'est une molécule fragile. Les marques d'âge tenaient plus longtemps, mais elles aussi s'effaçaient, et l'appareil se mettait alors à prendre un vieux poisson pour un jeune. L'eau semblait oublier quel âge avaient les saumons.
C'est pourquoi il est important de prélever des échantillons dans les premières semaines du frai, tant que la Porte de la fraîcheur reste ouverte. Un seul échantillon d'eau renseigne alors sur l'espèce, l'âge et la santé des poissons. Mais si l'on s'y prend trop tard, les données commencent à mentir, et personne ne s'en aperçoit.
Au pic de la décomposition des cadavres de saumon, l'oomycète Saprolegnia parasitica représentait 51,5 % de toutes les lectures dans l'échantillon d'eau. Autrement dit, plus de la moitié de l'ADN du ruisseau n'appartenait pas aux poissons, mais à un champignon qui dévorait leurs restes.
Non publié sur arXiv. Voici sa page, le PDF et la formalisation : vous pouvez vérifier vous-même, pas seulement lire notre analyse.