Семь книг с одинаковым текстом, но разными пометками на полях. Так можно представить геномы семи сортов риса из Индонезии. Учёные прочитали эти книги и сравнили, где пометки расходятся.
Каждый сорт вырастили в теплице и взяли ДНК из листьев. Длинные куски ДНК прочитали на специальном приборе, а потом выровняли по эталону — как сверяют черновик с чистовым оригиналом. Получились семь почти полных версий одной и той же генетической книги: больше 98% страниц на месте.
Дальше учёные сосредоточились на 40 генах, которые отвечают за цвет зерна, белок и крахмал. В этих генах нашлись точечные замены — как опечатки в важных абзацах. Например, в гене, который влияет на крахмал, у пяти сортов одна аминокислота заменена на другую. Это может объяснять, почему один сорт тёмный, а другой лучше переносит засуху.
Раньше было неясно, где именно в геномах местных сортов спрятаны полезные варианты. Теперь селекционеры получили список из 40 генов, которые можно проверять дальше. Это поможет сохранить разнообразие индонезийского риса и улучшать его для фермеров.
Сорт Cempo Ireng — чёрный рис, который в Индонезии считается церемониальным и используется в традиционной медицине. Его тёмный цвет дают антоцианы, те же пигменты, что окрашивают чернику.
Работа опубликована не на arXiv. Здесь её страница, PDF и формализация: проверить можно самим, а не только прочитать наш разбор.