В библиотеке, где хранятся разные издания одной книги, раньше можно было прочитать только обрывки страниц. Так работали старые методы: они видели маленькие кусочки молекул РНК и не могли собрать из них полный текст гена. А ведь в мозге человека один ген может существовать в тысячах вариантов, как одна книга в разных переводах.
Платформа SALRR похожа на конвейер в типографии. Робот Hamilton готовит образцы, компьютерная программа Snakemake собирает длинные прочтения в полные транскрипты. Раньше один человек вручную обрабатывал 8 образцов в день, теперь робот делает 24. И главное: он читает каждую молекулу РНК целиком, а не по обрывкам.
Почему это важно? Болезни мозга, такие как болезнь Альцгеймера, часто связаны не с самим геном, а с тем, какой именно вариант этого гена работает в клетке. Раньше эти варианты не различали. Теперь конвейер читает книгу целиком, и мы видим все издания.
Медианная длина поли(А)-хвоста ядерных транскриптов составила 143 нуклеотида, а митохондриальных — всего 41, что отражает известную особенность митохондриальных мРНК.
В романе Грега Игана «Город перестановок» копирование сознания требует полной расшифровки молекулярных состояний нейронов; SALRR приближает реальность к такому уровню детализации, показывая изоформное разнообразие, которое раньше было невидимо.
Работа опубликована не на arXiv. Здесь её страница, PDF и формализация: проверить можно самим, а не только прочитать наш разбор.