الضوء في المجهر لا يصل كتيار منتظم، بل مثل حبات مطر متساقطة: أحيانًا فوتونات أكثر، وأحيانًا أقل. هذا التشتت العشوائي هو ضوضاء الطلقات (shot noise). وهي تضع حدًا: الإشارات الضعيفة القادمة من أجسام صغيرة تغرق في هذه التموجات.

وجد العلماء طريقة لتهدئة هذه الضوضاء. يأخذون شعاعين من الضوء وُلدًا معًا ومرتبطين بحيث تلغي تذبذباتهما بعضها البعض. يمر أحد الشعاعين عبر العينة، بينما يبقى الآخر نقيًا. بمقارنتهما، يمكن طرح الضوضاء وإبقاء الإشارة المفيدة فقط. هذا يشبه سماعات الرأس المانعة للضوضاء: اللحن الهادئ يُسمع حتى في قاعة صاخبة.

المجهر الجديد تمكن بالفعل من رؤية مادة السيتوكروم c (cytochrome c) داخل الخلايا، والتي لم يكن الضوء العادي يُظهرها. الآن يرى علماء الأحياء العمليات الحية دون صبغات، ويدقق علماء المواد في الجسيمات النانوية بدقة أكبر.