يبدو البروتين تحت المجهر الإلكتروني كسلسلة من الظلال الضبابية — مئات الآلاف من الصور لنفس الجزيء، لكن من زوايا مختلفة ومع ضجيج شديد. في السابق، كانت تُجمع من هذه الظلال أولاً "ضبابة" حجمية — خريطة لتوزيع الشحنة الكهربائية داخل البروتين. وفقط بعد ذلك، بالنظر إلى هذه الضبابة، مثل نحّات ينظر إلى كتلة رخام، كان يُقتطع النموذج الذري.

النهج الجديد يفعل خلاف ذلك. فهو يأخذ قالبًا جاهزًا لسلسلة البروتين — مثل هيكل سلكي — ويبدأ في ثنيه ولفّه وإزاحته حتى تتطابق ظلال هذا الهيكل مع الصور الحقيقية. لا ضبابة وسيطة. يُقارن البروتين بالصور مباشرة، كما لو كنت تتحقق من شكل مفتاح بإدخاله في القفل، بدلاً من رسم القفل من بصمة.

لكي ينثني الهيكل بشكل معقول، تُقيَّد حركاته بقواعد تمنع البروتين من "الانكسار". هذا مثل دمية مفصلية: الذراعان والساقان تدوران فقط عند المفاصل. على بيانات اصطناعية، استعادت الطريقة سلاسل مفردة وبروتينات معقدة من عدة سلاسل، ملتقطةً حتى التحولات بين الأشكال المختلفة.

في النهاية، أصبح الطريق من الظلال الضبابية إلى النموذج الواضح أقصر بخطوة واحدة. وكلما كان الطريق أقصر، قلت الأخطاء المتراكمة على طوله.