في الورشة التي تُجمَّع فيها الريبوسومات، يحيك الخيّاط الجزيئي YbeY حلقة زائدة في السلسلة البروتينية uS11. هذه الحلقة هي إيزو أسبارتات (isoaspartate)، حمض أميني أطول هيكله بمجموعة ميثيلين واحدة. وتجعل هذه الإضافة البروتين أطول قليلًا، فيستقر في هيكل الريبوسوم بإحكام أكبر. كان هذا التحول يُعدّ في السابق عيبًا عشوائيًا يتراكم مع التقدم في العمر في بروتينات عدسة العين. لكن إيزو أسبارتات في uS11 موجود عند جميع الكائنات، من البكتيريا إلى الإنسان، وفي الموضع نفسه دائمًا.
وكانت المشكلة في السرعة. فبكتيريا الإشريكية القولونية تنقسم كل 20 دقيقة، بينما يستغرق التحول التلقائي للأسباراجين إلى إيزو أسبارتات نحو يوم ونصف. أي أن الخلية بحاجة إلى مُسرِّع. وقد فحص مؤلفو الدراسة جميع بروتينات الجينوم (proteome) البالغ عددها 4403 بروتين في الإشريكية القولونية باستخدام الشبكة العصبية AlphaFold3 للعثور على من يستطيع ربط uS11 في الوضعية الصحيحة. ومن بين كل البروتينات، أعطت ثلاثة فقط نموذجًا موثوقًا، وواحد فقط، وهو YbeY، وضع الأسباراجين-119 قرب أيون الزنك.
ثم اختبر علماء الكيمياء الحيوية YbeY في أنبوب الاختبار. خلال ساعة، حوّل الإنزيم معظم uS11 إلى صورة إيزو أسبارتات. أما الطفرات التي تمنع YbeY من الإمساك بالزنك أو بالركيزة، فقد خفّضت النشاط. في المقابل، لم تؤثر الطفرة التي تفسد وظيفة أخرى لـ YbeY، وهي قطع الحمض النووي الريبوزي (RNA)، في حياكة الحلقة. أي أن للبروتين أداتين منفصلتين: واحدة للحمض النووي الريبوزي، وأخرى للبروتينات.
وفي العتائق وحقيقيات النوى لا يوجد YbeY. وهناك، على الأرجح، يؤدي إنزيم ATPase المسمى Fap7 العمل نفسه. وفي البنية البلورية لمركّب Fap7–uS11 من العتيقة Pyrococcus abyssi، رأى المؤلفون أن البقية 124 هي في الحقيقة إيزو أسبارتات، لا أسبارتات كما كان يُعتقد سابقًا. وهكذا يبدو أن التطور اخترع مرتين، وبشكل مستقل، الطريقة نفسها لضبط بروتين الريبوسوم.
ولماذا تحتاج الخلية إلى هذا التعديل؟ عند حذف الجين ybeY من الإشريكية القولونية، صار الريبوسوم أقل قدرة على الإمساك بالبروتين bS21. فقد انخفضت كثافة bS21 على خريطة المجهر الإلكتروني المبرد، واختفى التلامس بين الأرجينين-35 في bS21 وإيزو أسبارتات-119 في uS11. وكانت هذه الريبوسومات أسوأ في التجمّع إلى جسيمات 70S كاملة، ولم تترجم البروتين المرشد إلا بنسبة 30% من المعدل الطبيعي.
الآن يتضح سبب أهمية هذا التعديل. فالخيّاط YbeY يحيك الحلقة الزائدة في دقائق، ومن دون هذه الإضافة يتفكك الريبوسوم. وقد يساعد فهم آلية عمل YbeY في تطوير مضادات حيوية: فالإنزيم محفوظ عند البكتيريا، لكنه غائب في سيتوبلازم الإنسان. لذا يمكن استهدافه من دون المساس بريبوسوماتنا.
يبلغ عمر النصف للتحول التلقائي للأسباراجين إلى إيزو أسبارتات في ببتيد يحمل موتيف Asn-Gly نحو 1,2 يوم، لكن YbeY يسرّع هذا التفاعل إلى دقائق، وهو أمر ضروري لتجميع الريبوسوم خلال دورة الخلية في الإشريكية القولونية (نحو 20 دقيقة).
لم يُنشر على arXiv. هنا صفحته وملف PDF والصياغة الشكلية: يمكنك التحقق بنفسك، لا مجرد قراءة تحليلنا.