حمض أميني

القرد الذي يعيش أربعين عامًا وقريبته التي تموت في العاشرة يقرآن الكتاب نفسه من كتاب الحياة، لكن مع ملاحظات مختلفة على الهوامش. هذه الملاحظات، المتشابهة عند كل المعمّرين والغائبة عند الأنواع قصيرة العمر، بحث عنها العلماء في جينومات 126 نوعًا من الرئيسيات. ولتمييز آثار طول العمر الحقيقية من المصادفات العابرة، حسب الباحثون أولًا كم «يُفترض» أن يعيش كل نوع بالنظر إلى كتلة جسمه.

في خلية الخميرة تشغل النواة نحو ستة في المئة من الحجم، ككرة صغيرة في غرفة. وقبل مئة عام لاحظ علماء الأحياء أن الخلايا الكبيرة تكون أنويتها أكبر، لكن السبب بقي لغزاً. قال بعضهم إنها محركات بروتينية، وقال آخرون إنه شد الغلاف، وقال غيرهم إنه الشكل. ويعمل بحث جديد على اختبار فكرة فيزيائية بسيطة: النواة تنتفخ كمضخة بفعل ضغط جسيمات لا تُرى.

تطوى سلسلة البروتين إلى بنية ثلاثية الأبعاد وظيفية في أجزاء من الثانية — ولا تخطئ أبدًا تقريبًا، إذ تجد الطية الأصلية الوحيدة بين عدد فلكي من التشكلات الممكنة. لفترة طويلة، كان يُعتقد أن التطور يصقل تسلسلات الأحماض الأمينية خصيصًا ليكون البروتين قادرًا ليس فقط على أداء وظيفته البيولوجية، بل أيضًا على امتلاك «قابلية الطي» — القدرة على بلوغ شكله الأصلي بسهولة ووضوح.

في أعماق الفضاء المظلمة، على سطح حبيبات غبار جليدية متناهية الصغر، يجري بناء هادئ. هناك حيث تنخفض الحرارة إلى ما يقارب الصفر المطلق، وحولها إشعاع قاسٍ، يتحد الحمض الأميني العادي الجلايسين (أبسط لبنة بروتينية) مع نفسه. الناتج هو ثنائي الببتيد — سلسلة قصيرة من حلقتين، تشبه بالفعل البروتين.

لفترة طويلة، نظرنا إلى البروتينات فقط في شكلها النهائي الثابت — وكأننا ننظر إلى صور فوتوغرافية لراقصين متجمدين في وضعية جميلة. بفضل خوارزميات مثل AlphaFold، تعلمنا التنبؤ بهذه الوضعية انطلاقًا من التسلسل الخطي لوحدات الكربون الأمينية.

مرآب ضخم بمئات المواقف. تقود سيارتك الصغيرة — جزيء الدواء المستقبلي — وتبحث عن الصندوق الوحيد الحر الذي ستركن فيه بسلاسة. لكن هذه الصناديق ليست خرسانية، بل منسوجة من سلاسل DNA أو RNA، ولا توجد لائحة قواعد للركن. لفترة طويلة، حلّ المهندسون الحاسوبيون هذه المسألة بتجريب الخيارات وفق قوانين الفيزياء: حساب تنافر وتجاذب الذرات، والبحث عن الوضعية الأكثر راحة.

من الكربون والنيتروجين والأكسجين والكبريت، يمكن تكوين 10⁶⁰ جزيء صغير مختلف — هذا الرقم واحد متبوع بـ60 صفراً، أكثر من عدد النجوم في الكون المرئي. لا تستخدم الحياة سوى جزء ضئيل من هذه القائمة، ولكن ليس بشكل عشوائي.

البحث عن حياة خارج الأرض يشبه تحقيقاً بوليسياً: من خلال فتات الأدلة يجب التمييز بين آثار الأحياء وبصمات الطبيعة غير الحية. على قمر زحل إنسيلادوس، كان الحظ حليف المحققين — من شقوق القشرة الجليدية تندفع ينابيع حارة، قاذفةً مياه المحيط تحت الجليدي مباشرة إلى الفضاء. هذا يسمح بأخذ عينات دون الهبوط على السطح.

لما يقرب من نصف قرن، بحث علماء الفلك بشكل منهجي عن الجلايسين في الوسط بين النجمي، وهو أبسط حمض أميني وأحد اللبنات الأساسية للبروتينات. ومع ذلك، بدلاً من الجزيء المتوقع، تم اكتشاف ميثيل الكربامات في سحابة جزيئية كثيفة تحيط بنجم حديث الولادة، وهو أيزومر بنيوي له: مركب له نفس مجموعة الذرات ولكن بترتيب مكاني مختلف.

البروتين هو مغناطيس صغير ذو شكل معقد، والجسيم النانوي هو كرة ملساء. اعتمادًا على الجانب الذي يقترب به البروتين من الكرة، تختلف قوة التجاذب. بَنى العلماء خريطة مفصلة لهذه "الالتحامات" لفهم كيف تلتصق جزيئات المواد المسببة للحساسية من حبوب لقاح البتولا بالجسيمات النانوية لأكسيد السيليكون. للقيام بذلك، استخدموا نهجين.

خيوط بروتينية طويلة، تشابكاتها المعقدة، واتصالاتها العشوائية — هكذا كان يُفسَّر عادةً نشوء القطرات الخلوية. هذه العضيات غير الغشائية، حيث تجري تفاعلات مهمة، تشبه قطرات الزيت في الماء: فهي تنشأ تلقائيًا عندما تنفصل الجزيئات إلى أطوار. لكن العمل الجديد نظر إلى مستوى أدنى — حيث لا تحكم الطول بل البصمة الكيميائية.

محقق كيميائي يبحث عن الحياة على الكواكب الأخرى. أداته مطياف الكتلة الذي يتعرف على الجزيئات من خلال وزنها (وهو الجهاز نفسه الذي يستخدمه المحققون الجنائيون الأرضيون في تحليل الأدلة). زوّد العلماء هذا المحقق للبحث عن 56 جزيئًا دليليًا: سلاسل الأحماض الأمينية الكربونية (أحجار بناء البروتين)، والقواعد النووية (حروف الحمض النووي)، والأحماض الدهنية (أساس الدهون).

التلسكوبات الراديوية رصدت خطوطًا طيفية للإشعاع الصادر عن المصدر الساخن المتراص G358.93-0.03 MM1 — وهو شرنقة يتشكل بداخلها نجم أولي ضخم. وفي هذا الإشعاع، تم تحديد خطوط الغليكولاميد — وهو جزيء مبني على هيكل كربوني. الغليكولاميد هو أيزومر بنائي للغليسين، وهو أبسط حمض أميني يدخل في تركيب البروتينات.

داخل كل خلية يوجد هيكل من الخيوط، مثل السقالات التي تمنحها شكلها وتسمح لها بالحركة. تربط هذه الخيوط بروتينات رابطة: بعضها يمسكها معًا فقط، مثل الحبال، والبعض الآخر يعمل كمحركات صغيرة تزحف على الخيوط وتسحبها نحو بعضها البعض. تعتمد قدرة الخلية على الانقسام أو الزحف أو تغيير شكلها على مدى انسجام عمل هذا الفريق.

البروتينات هي الآلات الجزيئية للحياة. تطوى لتكوّن أشكالاً ثلاثية الأبعاد معقدة، مثل طيّ ورقة لتكوين شكل بالأوريغامي. لكن إذا طويت الورقة بشكل مختلف قليلاً، تحصل على شكل آخر. كذلك البروتين يمكن أن يتخذ عدة أشكال، وهذا يحدد وظيفته. عادةً ما يقارن العلماء البروتينات بتسلسلاتها — سلاسل الأحماض الأمينية. هذا يشبه مقارنة نصوص الكتب دون النظر إلى الرسوم التوضيحية. لكن الآن ظهرت أداة EMERALD-UI.

جليد مذنب يصطدم بالأرض الفتية. الضغط عند نقطة الاصطدام — كما لو وضعت ست حاملات طائرات على ظفر إبهامك. في المختبر، تُعاد هذه الظروف بضغط عينة صغيرة بين سندانيين دوارين. في هذه المرة، وُضع تحت السندانين أدينوزين أحادي الفوسفات — أحد حروف RNA المستقبلية. أُضيف القليل من الماء لمحاكاة بيئة رطبة، ثم ضُغطت العينة.

تخيل أنك بحاجة إلى تجربة ملايين المفاتيح للعثور على المفتاح الذي يفتح قفل المرض. كل مفتاح هو جزيء، والقفل هو بروتين في أجسامنا. من المستحيل فحص كل مفتاح يدويًا، لذلك يستخدم الكيميائيون نماذج حاسوبية تتنبأ بكيفية تصرف الجزيء في الواقع. حتى وقت قريب، كانت الحسابات الدقيقة تستغرق ساعات أو أيامًا على أجهزة كمبيوتر قوية. الأداة الجديدة AceFF تفعل ذلك في ثوانٍ.

التركيب الكيميائي للعينة مثل منظر صوتي. الغابة الحية تبدو متعددة الأصوات: تغريد، حفيف، طنين الحشرات. الصحراء القاحلة ليست سوى صفير الرياح. وكذلك الجزيئات: الحياة تخلق مزيجًا متنوعًا بشكل لا يصدق من الأحماض الأمينية (خرزات البروتين) والأحماض الدهنية (مكونات الدهون)، بينما العمليات الخاملة تعطي مجموعة ضئيلة من المركبات المتكررة. يقترح العلماء التقاط هذه "الضوضاء الجزيئية" بدلاً من البحث عن مواد محددة مثل الحمض النووي.