Cuando una célula enferma, en su interior cambia la actividad de miles de genes. Los científicos quieren entender qué gen desencadenó esos cambios. RevPert funciona como un detective con una base de huellas dactilares: compara el estado de la célula con un catálogo de genes que ya se saben desactivar en el laboratorio y encuentra los más parecidos.
Antes, los investigadores se limitaban a mirar qué genes habían cambiado más y los señalaban como sospechosos. Pero eso no siempre funciona: el verdadero culpable puede cambiar poco, mientras que un gen ruidoso cambia mucho. RevPert, en cambio, compara todo el desplazamiento con las huellas de las desactivaciones. Además, tiene en cuenta la dirección: si desactivar un gen suele empujar a la célula hacia un lado y la enfermedad la lleva hacia el otro, ese gen recibe una puntuación baja.
El método se probó en células con desactivaciones conocidas: RevPert colocaba el gen correcto al principio de la lista con más frecuencia que los enfoques antiguos. Después se aplicó a células cancerosas resistentes a los fármacos, y encontró genes que antes pasaban desapercibidos. Ahora los biólogos pueden comprobar estos genes en el experimento sin tener que revisar miles de opciones.
Piense en cómo un detective busca al culpable por las huellas dactilares: RevPert hace lo mismo, pero en lugar de dedos usa perfiles de expresión de miles de genes. Y no se limita a buscar una coincidencia, sino que tiene en cuenta la dirección del desplazamiento, como si el detective distinguiera quién dejó la huella y quién la borró.
No publicado en arXiv. Aquí están su página, el PDF y la formalización: puede comprobarlo usted mismo, no solo leer nuestro análisis.