Si vous enregistrez un même concert avec deux micros différents, le souffle dans l'enregistrement ne sera pas le même. Mais si le même violoniste joue chaque fois une note un peu plus fort ou un peu plus doucement, les deux micros l'entendront. C'est à peu près ainsi que des cellules d'une même personne, dotées de gènes identiques, les activent avec une intensité variable. C'est ce qu'on appelle le bruit transcriptionnel. Les chercheurs voulaient savoir : ce bruit est-il une propriété des gènes eux-mêmes ou un parasite de l'appareil qui mesure l'activité des gènes ?
Pour vérifier, ils ont pris des cellules humaines (lignée GM12878) et deux appareils populaires de lecture de l'ARN : 10x Chromium et Parse Evercode WT. Chaque appareil a été utilisé quatre fois, comme si l'on enregistrait quatre fois le même concert. Il s'est avéré que les appareils ne captent pas les molécules d'ARN de la même façon : l'un voit mieux l'ARN avec une queue d'adénines, l'autre celui qui en est dépourvu. Mais lorsqu'on a mesuré le bruit lui-même, c'est-à-dire l'écart entre l'activité d'un gène et la moyenne, les résultats ont concordé. Les gènes qui faisaient du bruit dans les données du premier appareil en faisaient aussi dans celles du second. De plus, le bruit s'est révélé plus fort pour les gènes longs et plus faible pour les gènes portant un îlot CpG, un segment d'ADN où les paires de lettres C et G sont fréquentes.
On comprend maintenant que le bruit transcriptionnel n'est pas un défaut propre à un appareil, mais une caractéristique du gène lui-même. Les données de différents laboratoires peuvent donc être réunies et le bruit étudié collectivement. Il reste toutefois à savoir pourquoi les gènes longs font plus de bruit et pourquoi les îlots CpG le réduisent. Mais c'est déjà une autre question. L'essentiel, c'est que nous avons appris à distinguer la musique de la cellule du souffle du micro.
La plateforme Parse Evercode WT utilise un codage-barres combinatoire : les cellules sont successivement mélangées et séparées, recevant des combinaisons uniques de codes-barres, comme si chaque cellule recevait son propre code postal.
Non publié sur arXiv. Voici sa page, le PDF et la formalisation : vous pouvez vérifier vous-même, pas seulement lire notre analyse.