Sept livres dans une même langue, mais avec des annotations différentes en marge. Voilà à quoi ressemblent les génomes de sept variétés indonésiennes de riz, que les chercheurs ont lus lettre par lettre. Chaque variété est une traduction à part entière d'un même livre, et l'objectif était de repérer les endroits où ces traductions divergent.
Les chercheurs ont d'abord cultivé le riz en serre et extrait l'ADN des feuilles. Ensuite, ils ont lu de longs fragments d'ADN sur un appareil PacBio Revio, qui produit des séquences de plusieurs milliers de lettres, ce qui permet de ne pas perdre le sens. Les lectures obtenues ont été alignées sur le génome de référence AGIS1.0, comme on vérifie un brouillon par rapport à la version définitive. Pour chaque variété, une version propre du texte a été assemblée.
Ensuite est venue la partie la plus intéressante. Les chercheurs n'ont pas lu les 27 514 groupes de gènes communs à toutes les variétés : ils se sont concentrés sur 40 groupes choisis à l'avance, responsables de la couleur du grain, de la teneur en protéines et en amidon. Dans ces gènes, des substitutions ponctuelles ont été trouvées : par exemple, dans le gène SBE2b, chez cinq variétés, l'acide aminé leucine est remplacé par la valine, et dans le gène SSIIa, chez cinq variétés, la méthionine est remplacée par la valine. C'est comme des coquilles dans des paragraphes importants, qui changent le sens sans détruire le livre.
Auparavant, on ne savait pas très bien à quel point les génomes des variétés locales diffèrent, ni où se trouvent précisément les variants utiles à la sélection. Désormais, c'est clair : malgré une grande similitude d'ensemble, il existe des différences ponctuelles dans les gènes de l'amidon, des protéines et des pigments, que l'on peut vérifier plus loin. Un sélectionneur peut prendre cette liste de candidats et les tester dans ses programmes, tandis qu'un généticien peut utiliser les données pour des études fonctionnelles.
Sept traductions d'un même livre ont été lues. Reste à comprendre quelles annotations en marge changent réellement le goût, la couleur et la résistance à la sécheresse, et lesquelles ne sont que des taches d'encre.
La variété Cempo Ireng est un riz noir considéré en Indonésie comme cérémoniel et utilisé en médecine traditionnelle. Sa couleur sombre vient des anthocyanes, les mêmes pigments qui colorent la myrtille.
Non publié sur arXiv. Voici sa page, le PDF et la formalisation : vous pouvez vérifier vous-même, pas seulement lire notre analyse.