Sept livres au texte identique, mais avec des annotations différentes en marge. C'est ainsi qu'on peut se représenter les génomes de sept variétés de riz d'Indonésie. Les scientifiques ont lu ces livres et comparé les endroits où les annotations divergent.
Chaque variété a été cultivée en serre et l'ADN a été prélevé sur les feuilles. De longs fragments d'ADN ont été lus sur un appareil spécial, puis alignés sur une référence, comme on compare un brouillon avec la version définitive. On a obtenu sept versions presque complètes du même livre génétique : plus de 98 % des pages sont en place.
Ensuite, les scientifiques se sont concentrés sur 40 gènes qui déterminent la couleur du grain, les protéines et l'amidon. Dans ces gènes, on a trouvé des substitutions ponctuelles, comme des coquilles dans des paragraphes importants. Par exemple, dans un gène qui influence l'amidon, cinq variétés présentent une acide aminé remplacé par un autre. Cela pourrait expliquer pourquoi une variété est foncée et une autre mieux adaptée à la sécheresse.
Auparavant, on ne savait pas exactement où se cachaient les variantes utiles dans les génomes des variétés locales. Désormais, les sélectionneurs disposent d'une liste de 40 gènes qu'ils peuvent vérifier plus avant. Cela aidera à préserver la diversité du riz indonésien et à l'améliorer pour les agriculteurs.
La variété Cempo Ireng est un riz noir considéré en Indonésie comme cérémoniel et utilisé en médecine traditionnelle. Sa couleur sombre vient des anthocyanes, les mêmes pigments qui colorent la myrtille.
Non publié sur arXiv. Voici sa page, le PDF et la formalisation : vous pouvez vérifier vous-même, pas seulement lire notre analyse.