Une bibliothèque où les livres se recopient tout seuls et glissent des doubles entre les rayons sombre vite dans le chaos. C'est à peu près à cela que ressemble le génome de la sapote, un arbre tropical dont les fruits sucrés sont connus de beaucoup sous le nom de chiku. Des scientifiques ont assemblé pour la première fois la séquence complète de son ADN, et il s'avère que le génome est gonflé à 1,63 milliard de paires de bases, soit deux fois plus que chez ses plus proches parents, alors que le nombre de gènes n'a presque pas changé.
Les coupables sont les éléments mobiles, des segments d'ADN capables de se déplacer et de se multiplier à l'intérieur du génome. Les rétrotransposons Gypsy se sont montrés particulièrement actifs, s'insérant dans l'ADN comme des livres qui se reproduisent d'eux-mêmes. En comparant la sapote à quatre autres espèces de la famille des Sapotacées, les chercheurs ont reconstitué l'histoire de ces invasions. Le pic d'activité des Gypsy remonte à environ 0,09 million d'années, hier à l'échelle de l'évolution. Ces insertions n'ajoutaient pas de nouveaux gènes : elles gonflaient les intervalles entre eux, comme si l'on avait glissé des milliers de pages blanches entre les vrais livres d'une bibliothèque.
La cellule n'est pas restée passive. Les marques chimiques posées sur l'ADN, sortes d'étiquettes « ne pas toucher », sont plus fréquentes chez la sapote que chez sa parente M. longifolia, en particulier sur les vieilles insertions Gypsy. C'est un peu comme des bibliothécaires qui font des heures supplémentaires pour garder sous clé les livres qui se sont multipliés. Cette méthylation renforcée aide à stabiliser le génome en empêchant les éléments mobiles de se remettre en mouvement.
Mais le chaos a aussi apporté un bénéfice inattendu. Parmi les gènes dupliqués de la sapote, 5736 se sont révélés déplacés par des transposons, et ces gènes participent particulièrement souvent à la production de flavonoïdes et de phénylpropanoïdes, les composés responsables du goût, de l'arôme et des propriétés médicinales. Autrement dit, les livres parasites ont apporté avec eux, par accident, des recettes de nouveaux plats.
Maintenant que la sapote dispose d'un génome de référence, les sélectionneurs peuvent rechercher les gènes responsables de la douceur et de l'arôme, et créer des variétés améliorées sans génie génétique. Et la sapote elle-même devient un modèle pour comprendre comment les plantes survivent à une « obésité génomique » et la transforment en nouvelles possibilités.
Le génome de la sapote n'est que 1,6 fois plus grand que celui de l'humain, mais il ne contient qu'environ 35 000 gènes contre 20 000 chez l'humain : la différence de taille tient presque entièrement aux répétitions, et non au nombre de gènes.
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