Каждую осень лососи приплывают в ручей Иссакуа, откладывают икру и умирают. Вода уносит их молекулярные следы: обрывки ДНК, короткоживущие РНК и химические метки, которые меняются с возрастом, как годовые кольца на дереве. Учёные каждую неделю забирали литр воды и читали эти следы портативным прибором.
Сначала всё было ясно. РНК показывала, что рыбы живы и активны. Метки на ДНК говорили, что это взрослые особи. Болезнетворные организмы появлялись по расписанию: сначала бактерия, через неделю после пика нереста, потом грибок, который размножался на трупах.
Но потом следы начали портиться. РНК исчезала через несколько дней после гибели рыб, потому что это хрупкая молекула. Метки возраста держались дольше, но и они стирались, и тогда прибор начинал принимать старую рыбу за молодую. Вода как будто забывала, сколько лет было лососям.
Поэтому важно брать пробы в первые недели нереста, пока Врата свежести открыты. Тогда одна проба воды расскажет и о виде, и о возрасте, и о здоровье рыб. А если опоздать, данные начнут врать, и никто этого не заметит.
В пик разложения трупов лосося оомицет Saprolegnia parasitica составлял 51,5% всех прочтений в образце воды. То есть больше половины ДНК в ручье принадлежало не рыбам, а грибку, поедающему их останки.
Работа опубликована не на arXiv. Здесь её страница, PDF и формализация: проверить можно самим, а не только прочитать наш разбор.