يشبه البروتين في الخلية آلة صغيرة: لكل منها مخطط واضح ومهمة محددة. بعض البروتينات تقطع الجزيئات، وبعضها ينقل الأكسجين، وبعضها يلتقط الضوء. لإنشاء مثل هذه الآلية من الصفر، يجب حل مشكلتين في آن واحد: ابتكار العمل الذي ستقوم به، وكيفية طيّها في عقدة صحيحة. إذا اختلت العقدة، تتعطل الآلة أو تنكسر.
غالبًا ما تفرّق الطرق الحاسوبية التقليدية بين هاتين المهمتين — فيبتكرون الوظيفة أولاً، ثم يلائمون الشكل عليها. أما مؤلفو النموذج الجديد CodeFP فقد فعلوا العكس. لقد علّموا البرنامج "التحدث" بلغة البروتين بحيث يكون في كل كلمة منه — كل حمض أميني — مضمّنًا الدور المستقبلي والانحناء المستقبلي. ينظر النموذج إلى الحلقات واللوالب الصغيرة (البنى الموضعية) ليس كإطار سلبي، بل كمساعدين نشطين — فهي تشير إلى أين سيلتصق البروتين بجزيئات أخرى أو يثني سلسلته.
ولكي لا يخلط النموذج بين التخمينات — إذ قد يقابل النمط نفسه من الأحماض الأمينية عدة خيارات للطي — أضافوا له فحصًا إضافيًا. كمعلّم يطّلع على دفتر الطالب ويصحح بهدوء: "هنا الوظيفة، لا تنسَ". النتيجة: بروتينات تؤدي ما هو مقصود بنسبة 6% أكثر، وتنطوي إلى كتلة عديمة الفائدة بنسبة 3% أقل.
في المستقبل، قد تلتقط هذه البروتينات المصمَّمة السموم في الماء، أو توصّل الأدوية بدقة إلى الخلية المريضة، أو تجمع ضوء الشمس لإنتاج طاقة نظيفة. وكل ذلك — دون النظر إلى ملايين السنين من التطور، من صفحة بيضاء.
بروتين مكوّن من 100 حمض أميني يمكن أن ينطوي إلى عدد من الأشكال لدرجة أنه لو جرّبناها واحدة كل ثانية، لما كان عمر الكون كافيًا منذ الانفجار العظيم — بينما في الخلية يستغرق ذلك أجزاء من الثانية.