نموذج تعلم آلي يُدرَّب على تسلسلات البروتينات للتنبؤ بالبنى وتصميم بروتينات جديدة.نموذج اللغة البروتينية هو نوع من نماذج التعلم الآلي يُدرَّب على مجموعات بيانات كبيرة من تسلسلات البروتينات، على غرار كيفية تدريب نماذج اللغة على النصوص. تتعلم هذه النماذج الأنماط الإحصائية والعلاقات بين الأحماض الأمينية في البروتينات، مما يلتقط القيود التطورية والهيكلية. بعد التدريب، يمكن استخدامها للتنبؤ ببنية البروتين ووظيفته وتفاعلاته، وكذلك لتصميم بروتينات جديدة بخصائص مرغوبة.
اكتسب هذا المفهوم شهرة في أواخر العقد الأول من القرن الحادي والعشرين وأوائل العقد الثاني، مع نماذج مثل ProtBERT وESM (النمذجة التطورية على نطاق واسع) من Meta AI، بالبناء على التقدم في معالجة اللغة الطبيعية.
النموذج عادةً ما يكون شبكة عصبية عميقة، غالبًا ما تعتمد على بنى المحولات، التي تعالج تسلسلات البروتين كـ"جمل" من الأحماض الأمينية. أثناء التدريب، يتعلم التنبؤ بالأحماض الأمينية المخفية أو المفقودة بناءً على السياق المحيط، على غرار كيفية توقع نموذج اللغة للكلمات المفقودة. هذا يجبر النموذج على استيعاب التبعيات المعقدة بين الأحماض الأمينية، والتي تعكس القواعد الفيزيائية والتطورية التي تحكم طي البروتين ووظيفته. بعد التدريب، يمكن استخدام التمثيلات الداخلية للنموذج لمهام لاحقة مثل التنبؤ بالبنية أو تصميم البروتين.
يُستخدم في اكتشاف الأدوية، وهندسة الإنزيمات، والبيولوجيا الاصطناعية للتنبؤ ببنى البروتينات وتصميم بروتينات جديدة بوظائف محددة، مثل الإنزيمات للعمليات الصناعية أو الأجسام المضادة العلاجية.
لقد ثبت أن نماذج اللغة البروتينية تتعلم المعلومات التطورية دون أن تُدرَّب صراحةً على البيانات التطورية، فقط من خلال ملاحظة الأنماط في تسلسلات البروتينات الموجودة.













