Siete libros en un mismo idioma, pero con distintas anotaciones al margen. Así se ven los genomas de siete variedades indonesias de arroz que los científicos leyeron letra por letra. Cada variedad es una traducción distinta de un mismo libro, y la tarea consistía en encontrar los pasajes donde las traducciones se separan.
Primero, los investigadores cultivaron el arroz en invernadero y extrajeron el ADN de las hojas. Después leyeron fragmentos largos de ADN en un equipo PacBio Revio, que produce tramos de varios miles de letras y así evita perder el sentido. Las lecturas obtenidas se alinearon contra el genoma de referencia AGIS1.0, como quien coteja un borrador con el original en limpio. Para cada variedad se armó su propia versión del texto.
Después vino lo más interesante. Los científicos no se pusieron a leer los 27 514 grupos de genes comunes a todas las variedades, sino que se centraron en 40 elegidos de antemano, los que gobiernan el color del grano y el contenido de proteína y almidón. En esos genes aparecieron sustituciones puntuales: por ejemplo, en el gen SBE2b, en cinco variedades el aminoácido leucina está reemplazado por valina, y en el gen SSIIa, en cinco variedades la metionina está sustituida por valina. Son como erratas en párrafos importantes: cambian el sentido, pero no destruyen el libro.
Antes no quedaba claro cuánto se diferencian los genomas de las variedades locales ni dónde están exactamente las variantes útiles para el mejoramiento. Ahora se ve que, bajo una semejanza general, hay diferencias puntuales en los genes del almidón, la proteína y los pigmentos que se pueden seguir comprobando. Un fitomejorador puede tomar esta lista de candidatos y verificarlos en sus programas, y un genetista puede usar los datos para estudios funcionales.
Ya están leídas las siete traducciones de un mismo libro. Falta entender qué anotaciones al margen cambian de verdad el sabor, el color y la resistencia a la sequía, y cuáles son solo manchas de tinta.
La variedad Cempo Ireng es un arroz negro que en Indonesia se considera ceremonial y se usa en la medicina tradicional. Su color oscuro se debe a las antocianinas, los mismos pigmentos que dan color a los arándanos.
No publicado en arXiv. Aquí están su página, el PDF y la formalización: puede comprobarlo usted mismo, no solo leer nuestro análisis.