Cuatro mapas viejos dormían en cajones distintos. En cada uno había marcados genes relacionados con el envejecimiento celular, pero los mapas no coincidían: nombres diferentes, escalas diferentes, leyendas diferentes. El científico que buscaba un gen para su experimento tenía que cotejarlos a mano, con el riesgo de pasar por alto una marca importante.
SenSASP ha cosido esos mapas en uno solo. Tomó las listas de genes de cuatro bases, CellAge, GenAge, SenMayo y Reactome, y las llevó a un denominador común; mejor dicho, a un identificador común de Ensembl. Así se pudieron eliminar 210 duplicados: un mismo gen, registrado en distintas bases con nombres distintos, ahora figura una sola vez. En total, el mapa reúne 1250 genes.
Pero el mapa no se quedó en una simple recopilación. A cada gen se le añadieron tres capas que no existían en ninguna de las bases originales. La primera capa es la conservación: si el gen tiene un «gemelo» en el ratón y en el pez cebra, es decir, si se puede estudiar su papel en estos organismos modelo. La segunda capa es la expresión: en cuáles de los 54 tejidos humanos está activo el gen. La tercera capa es la red de interacciones: con qué otros genes se relaciona. De estos vínculos surgió una red de 15 611 aristas, y en su centro quedó el gen TP53, conectado con 368 genes más.
Ahora, buscar un gen para un experimento se parece más a consultar un catálogo bien organizado que a excavar en un archivo. El biólogo puede preguntar: «¿Qué genes del envejecimiento existen tanto en el ratón como en el pez cebra, están activos en el hígado y se relacionan con TP53?», y obtener la respuesta en un minuto. Antes, una pregunta así costaba días.
SenSASP no se limitó a coser los mapas. También trazó sobre ellos senderos entre los genes y señaló por dónde pasan esos senderos en los distintos organismos. Los cuatro mapas viejos, que antes dormían en cajones separados, son ahora uno solo, y sobre él se puede trazar la ruta hacia nuevos fármacos contra las enfermedades de la edad.
Solo dos genes, IL6 y JUN, están confirmados por los cuatro recursos originales, lo que subraya la fragmentación del campo y la importancia de un núcleo consensuado. TP53, el hub principal de la red, tiene un grado de 368, reflejo de su papel central en la senescencia inducida por estrés.
No publicado en arXiv. Aquí están su página, el PDF y la formalización: puede comprobarlo usted mismo, no solo leer nuestro análisis.