Белки, как люди, имеют родословные. Два белка, выполняющие одну работу у разных организмов, произошли от общего предка. Сравнивая их последовательности, можно восстановить эту историю. Но когда белки разошлись давно, обычные методы теряют след: различий накапливается так много, что сигнал исчезает, как старые фотографии выцветают.

Новый подход, HyperEvoGen, строит карту родства в искривлённом пространстве — таком, где параллельные линии могут расходиться. Это пространство похоже на седло: чем дальше от центра, тем быстрее растёт расстояние. В нём белки-потомки размещаются на ветвях, отходящих от предка, и расстояния между ними честно показывают, сколько эволюционных шагов их разделяет. Нейросеть учится так располагать белки, чтобы карта сохраняла иерархию родства, не теряя её даже для глубоко разошедшихся семейств.

Такая карта полезна не только для истории. Она помогает создавать новые белки с нужными свойствами, ведь можно двигаться по карте в сторону желаемых признаков. Для больших семейств белков, где обычные вычисления занимали бы недели, новый метод работает за часы. Это открывает путь к изучению эволюции тысяч белков одновременно и к ускоренной разработке ферментов и лекарств.