Четыре старые карты лежали в разных ящиках стола. На каждой были отмечены гены, связанные со старением клеток, но карты не совпадали: разные названия, разные масштабы, разные легенды. Учёному, который искал ген для эксперимента, приходилось сверять их вручную, рискуя пропустить важную отметку.

SenSASP сшила эти карты в одну. Она взяла списки генов из четырёх баз — CellAge, GenAge, SenMayo и Reactome — и привела их к общему знаменателю, точнее, к общему идентификатору Ensembl. Так удалось убрать 210 дубликатов: один и тот же ген, записанный в разных базах под разными именами, теперь значится один раз. Всего на карте оказалось 1250 генов.

Но карта стала не просто сводной. К каждому гену добавили три слоя, которых не было ни в одной из исходных баз. Первый слой — консервативность: есть ли у гена «двойник» у мыши и рыбы данио, то есть можно ли проверять его роль на этих модельных организмах. Второй слой — экспрессия: в каких из 54 тканей человека ген активен. Третий слой — сеть взаимодействий: с какими другими генами он связан. Из этих связей сложилась сеть из 15 611 рёбер, и в её центре оказался ген TP53, связанный с 368 другими генами.

Теперь поиск гена для опыта похож на запрос к хорошо устроенному каталогу, а не на раскопки в архиве. Биолог может спросить: «Какие гены старения есть и у мыши, и у рыбы, активны в печени и связаны с TP53?» — и получить ответ за минуту. Раньше на такой вопрос уходили дни.

SenSASP не просто сшила карты. Она нанесла на них тропы между генами и пометила, где эти тропы проходят в разных организмах. Четыре старые карты, которые раньше лежали в разных ящиках, теперь стали одной, по которой можно прокладывать маршрут к новым лекарствам от возрастных болезней.

Забрать работу целиком

Работа опубликована не на arXiv. Здесь её страница, PDF и формализация: проверить можно самим, а не только прочитать наш разбор.

страница работы