Quatre vieilles cartes dormaient dans des tiroirs différents. Sur chacune étaient marqués les gènes liés au vieillissement cellulaire, mais les cartes ne concordaient pas : noms différents, échelles différentes, légendes différentes. Le chercheur qui voulait un gène pour son expérience devait les recouper à la main, au risque de laisser passer une annotation importante.
SenSASP a cousu ces cartes en une seule. Elle a pris les listes de gènes de quatre bases, CellAge, GenAge, SenMayo et Reactome, et les a ramenées à un dénominateur commun, plus précisément à un identifiant Ensembl commun. Cela a permis d'éliminer 210 doublons : un même gène, inscrit sous des noms différents dans plusieurs bases, ne figure plus qu'une fois. Au total, la carte compte 1250 gènes.
Mais la carte n'est pas devenue une simple compilation. À chaque gène ont été ajoutées trois couches absentes de toutes les bases d'origine. La première couche, c'est la conservation : le gène a-t-il un « jumeau » chez la souris et le poisson-zèbre, autrement dit peut-on tester son rôle sur ces organismes modèles ? La deuxième couche, c'est l'expression : dans lesquels des 54 tissus humains le gène est actif. La troisième couche, c'est le réseau d'interactions : avec quels autres gènes il est relié. De ces liens a émergé un réseau de 15 611 arêtes, au centre duquel se trouve le gène TP53, relié à 368 autres gènes.
Désormais, chercher un gène pour une expérience ressemble à une requête adressée à un catalogue bien organisé, et non à des fouilles dans les archives. Le biologiste peut demander : « Quels gènes du vieillissement existent à la fois chez la souris et chez le poisson, sont actifs dans le foie et sont liés à TP53 ? » et obtenir une réponse en une minute. Auparavant, une telle question prenait des jours.
SenSASP n'a pas seulement cousu les cartes. Elle y a tracé des sentiers entre les gènes et signalé où ces sentiers passent selon les organismes. Quatre vieilles cartes, autrefois rangées dans des tiroirs séparés, n'en forment plus qu'une, sur laquelle on peut tracer la route vers de nouveaux médicaments contre les maladies liées à l'âge.
Seuls deux gènes, IL6 et JUN, sont confirmés par les quatre ressources d'origine, ce qui souligne la fragmentation du domaine et l'importance d'un noyau consensuel. TP53, le hub principal du réseau, a un degré de 368, ce qui reflète son rôle central dans la sénescence induite par le stress.
Non publié sur arXiv. Voici sa page, le PDF et la formalisation : vous pouvez vérifier vous-même, pas seulement lire notre analyse.