Una proteína se desliza por la hebra de ADN como una llave por un llavero, buscando su cerradura. Un giro equivocado y el gen quedará apagado. Para saber dónde se agarrará la proteína con firmeza, hay que medir la fuerza de ese agarre: la energía de unión. Pero revisar todos los sitios posibles a mano es imposible: el genoma de un mamífero tiene miles de millones de 'letras'.
Los investigadores entrenaron una red neuronal con una colección de pares conocidos 'proteína-ADN' cuya energía ya había sido medida. La red aprendió a detectar rasgos ocultos de la superficie proteica y del texto del ADN que, en conjunto, determinan la fuerza del contacto. Este enfoque recuerda al trabajo de un catador: por el color de la bebida y la forma de la copa, predice el sabor sin siquiera probarla.
El método se probó en el factor de transcripción PU.1, una proteína que activa genes en las células sanguíneas. La red neuronal calculó su perfil energético en todos los cromosomas del ratón y mostró dónde la proteína se detiene durante mucho tiempo y dónde apenas roza. Resultó que los sitios de aterrizaje estables no son simplemente las zonas más 'pegajosas'. Son aquellos puntos a los que la proteína logra llegar durante su vida en el núcleo.
Este atlas energético es el primer paso para leer el código genético no como un texto estático, sino como un paisaje vivo. Por él, las proteínas exploradoras palpan continuamente la hebra de ADN en busca de sus objetivos.
La proteína PU.1 se desliza por el ADN a una velocidad de unas 1000 pares de bases por segundo, más rápido que un tren de alta velocidad si cada 'letra' fuera un durmiente.