مهندس يضبط هوائيًا: يشدّ جزءًا — يتردد التردد، يغيّر الزاوية — ينخفض الكسب. هكذا تقريبًا يُدار تطوير الببتيدات العلاجية (سلاسل بروتينية قصيرة). الذوبانية، والقدرة على عدم تدمير كريات الدم الحمراء، ومقاومة التصاق الفضلات البروتينية — هذه الخصائص الثلاث متشابكة، ومحاولة تحسين واحدة غالبًا ما تكسر الأخرى.

النظام الجديد Pepti-Agent يعمل بشكل مختلف. بدلًا من سكربت متجانس حيث كل شيء مختلط، فهو مكوّن من ثلاث أدوات مستقلة، مثل مجموعة مفكات في صندوق. أداة واحدة — PeptideGPT — تولّد متغيرات الببتيدات. وأخرى — مبنية على نموذج ProtBERT — تقيّم الخصائص الثلاث الرئيسية. والثالثة — عامل الطفرات — تُدخل استبدالات نقطية للأحماض الأمينية. ويقود هذه الأوركسترا وحدة تحكم مبنية على نموذج لغوي: تستدعي الأدوات بالتتابع وتتحقق من الأرقام الفعلية للخصائص بعد كل خطوة.

هذا النهج يعطي "تاريخًا مرضيًا" شفافًا لكل مرشح: ما القرارات التي اتخذتها وحدة التحكم، وماذا توقعت النماذج، وأي الطفرات قُبلت. هذا لا يساعد فقط في اختيار أفضل الخيارات للاختبارات المعملية، بل يسمح أيضًا بمقارنة استراتيجيات التصميم المختلفة. في جوهره، يحوّل Pepti-Agent البحث الأعمى إلى عمل هندسي ذي معنى، حيث كل تعديل مؤكد بالأرقام.