Libro de cocina para proteínas exprés
Un enorme libro de cocina: cada receta es una proteína, y el plato terminado es su función en la célula. Para preparar un manjar complejo, a menudo hay que mezclar varios ingredientes y dejar que 'cuajen' en la forma adecuada. Hasta ahora, los chefs científicos solo podían adivinar cómo se plegarían las recetas ajenas. El nuevo programa OpenDDE actúa como un chef experimentado: no solo lee la receta, sino que ve de inmediato cómo las proteínas se 'pliegan' juntas (plegamiento conjunto) y cómo esto afecta su función.
La principal novedad es que OpenDDE no es solo una herramienta para predecir formas. Es una base sobre la que se puede construir un sistema para crear nuevos fármacos: desde 'inventar' moléculas por computadora hasta evaluar su eficacia. Los autores encontraron dos vías para mejorar estos modelos: aumentar los datos y la potencia computacional. Es como encontrar un ingrediente secreto y una placa más potente que, juntos, hacen que los platos sean cada vez más sabrosos. Ahora cualquier investigador del mundo puede descargar este 'motor culinario' y empezar a preparar sus propios fármacos. Así, el libro de recetas común con el que todo comenzó se convierte en una cocina viva donde cada chef añade su toque.
Resumen original
tal como lo escribieron los autores, en inglés arXiv:2607.03787
Accurately modeling biomolecular interactions is a central bottleneck in biology and therapeutic discovery. Here, we introduce Open Drug Discovery Engine (OpenDDE), an open-source, all-atom biomolecular foundation model that uses co-folding as the entry point to a scalable AI-driven drug discovery engine. Rather than treating structure prediction as an isolated endpoint, OpenDDE is designed as a shared structural reasoning layer for modeling sequence-structure-function relationships across biomolecular complexes, enabling complex structure prediction today while providing a foundation for de novo design, affinity estimation, structure-conditioned optimization, and more. OpenDDE integrates advances in all-atom architecture, atomic latent reasoning, inference optimization, and large-scale data processing to achieve IsoDDE-level co-folding accuracy within a reproducible and openly accessible framework. We also identify two scaling-law directions for co-folding models, revealing practical routes for continued improvement through data, model, inference, and training scaling. By releasing training code, inference pipelines, checkpoints, and benchmarks, OpenDDE aims to democratize access to frontier biomolecular intelligence, accelerate global collaboration, and lay an open foundation for next-generation drug discovery systems that can move from predicting molecular structures toward designing, scoring, and optimizing therapeutic candidates for human health.
Las proteínas de nuestro cuerpo se pliegan en complejas estructuras tridimensionales en fracciones de segundo, pero un plegamiento incorrecto puede provocar enfermedades como el Alzheimer.
En la película 'Soy leyenda', un científico busca solo la cura de un virus; OpenDDE acerca un mundo donde esa búsqueda sea tarea de una red global de investigadores.