Protéine et médicament : comment accélérer la recherche par 26 express
La recherche d'un nouveau médicament ressemble à la recherche de la bonne clé pour une serrure. La protéine dans la cellule est la serrure, et la molécule candidate est la clé. Il faut comprendre si la clé convient et à quel point elle s'y adaptera solidement. Avant, l'ordinateur passait en revue chaque atome de la serrure et de la clé pour le vérifier. Pour une seule serrure, cela prenait des heures, voire des jours. Tester des millions de clés était irréaliste.
TerraBind change d'approche. Au lieu de tous les atomes, il ne regarde que les points d'appui : pour la protéine, les carbones alpha (comme des nervures de rigidité dans une charpente), et pour la molécule, les atomes lourds (sans hydrogène). Ce « squelette » grossier conserve la forme, mais réduit considérablement le volume de calcul. Résultat : la vitesse est multipliée par 26, et la précision est même légèrement supérieure — de 20 pour cent par rapport aux précédents leaders.
Une évaluation rapide et précise de la force de liaison est l'essentiel dans la sélection des médicaments. On peut maintenant, pour le même coût et le même temps, tester beaucoup plus de substances. Et le programme sait aussi indiquer à quel point il est confiant dans sa prédiction. Cela aide à ne pas gaspiller de ressources sur des options douteuses et à trouver plus rapidement des molécules réellement efficaces.
TerraBind n'utilise que 4 points d'appui pour chaque acide aminé de la protéine au lieu de 10 à 20 atomes — comme si un artiste dessinait un portrait uniquement avec les yeux et le nez, mais devinait le visage entier.