affinité de liaison

Une protéine ressemble à une minuscule machine qui s'allume et s'éteint sur commande. La commande arrive lorsqu'une autre molécule s'y fixe, comme une clé dans une serrure. Ensuite, la protéine change de forme et transmet le signal plus loin. Mais comment exactement le signal circule à l'intérieur de la protéine est longtemps resté un mystère.

Lorsqu'un anticorps rencontre un virus, il ne s'y agrippe pas par une prise unique et définitive. C'est plutôt comme deux grappes de raisin qui roulent dans l'eau et s'accrochent l'une à l'autre par des dizaines de petits tentacules.

Un col de montagne relie deux vallées. Dans l'une, la protéine est repliée, dans l'autre, elle est dépliée. Pour passer de l'une à l'autre, il faut franchir la selle, le point le plus haut du chemin. En science des protéines, ce point est appelé état de transition, et la coordonnée qui indique la distance jusqu'à lui est le committor.

Dans chaque cellule, des rencontres et des séparations ont lieu en permanence. Certaines paires tiennent solidement, comme un scratch, d'autres se touchent à peine, comme du pollen porté par le vent.

Une protéine glisse le long du brin d'ADN comme une clé sur un trousseau, cherchant sa serrure. Un mauvais tournant, et le gène reste éteint. Pour savoir où la protéine s'agrippera solidement, il faut mesurer la force de cette prise, c'est-à-dire l'énergie de liaison.

Le système immunitaire ressemble à un éditeur infatigable qui corrige le brouillon des anticorps, les rendant de plus en plus accrocheurs aux virus et aux bactéries.

Une lampe de poche qui ne s'allume qu'à proximité d'un panneau routier : c'est à peu près ainsi que fonctionne la recherche de médicaments lorsque les scientifiques s'appuient sur des indices génétiques. Une équipe de chercheurs a examiné plus de 26 000 paires « cible-maladie » : des combinaisons entre une protéine ciblée par un médicament et la maladie qu'il traite.

Un laboratoire envoie à un robot une liste de mille molécules candidates pour un nouveau médicament. Le robot-prédicteur, entraîné sur d'anciennes données, donne pour chacune une évaluation « convient – ne convient pas ». Mais lorsque la liste provient d'un domaine inconnu – un autre virus ou une tumeur rare – le robot commence à se tromper.

Un fil téléphonique coupé, c'est embêtant, mais de l'ADN cassé, c'est une catastrophe. Une cassure double brin (lorsque les deux brins de l'hélice se brisent au même endroit) menace la cellule de mort ou de transformation cancéreuse.

Une protéine est un petit aimant de forme complexe, et une nanoparticule est une bille lisse. Selon le côté par lequel la protéine s'approche de la bille, la force d'attraction diffère.

Lorsqu'une clé entre dans une serrure, ce qui compte, ce n'est pas seulement la forme du panneton, mais aussi la façon dont il appuie sur les goupilles. Dans le monde des médicaments, ces « appuis » sont les liaisons hydrogène : des ponts faibles mais nombreux entre la molécule du médicament et la protéine cible.

L'ARN du virus SARS-CoV-2 n'est pas un simple fil, mais une structure complexe. Il contient une région qui se replie en un nœud, semblable à un lacet emmêlé. Ce nœud aide le virus à produire deux protéines à partir d'un seul segment de code génétique.

La recherche d'un nouveau médicament ressemble à la recherche de la bonne clé pour une serrure. La protéine dans la cellule est la serrure, et la molécule candidate est la clé. Il faut comprendre si la clé convient et à quel point elle s'y adaptera solidement. Avant, l'ordinateur passait en revue chaque atome de la serrure et de la clé pour le vérifier.

Le médecin prescrit un comprimé pour le cœur et un comprimé pour la tension. Pris séparément, chacun aide, mais ensemble, ils peuvent brouiller les signaux dans le sang et nuire. Ces rencontres indésirables entre médicaments sont appelées interactions, et il est impossible de tester chaque paire en laboratoire — elles se comptent par millions.

La cellule ressemble à une cuisine où des milliers de recettes (les gènes) sont consignées dans un gros livre (l'ADN). Le chef-protéine Klf4 feuillette les pages et décide quelle recette préparer aujourd'hui. Mais comment trouve-t-il la bonne ligne parmi des milliards de lettres ?

La membrane d'une cellule vivante n'est pas une carapace rigide, mais un film souple dans lequel sont incrustées des milliers de protéines, comme des raisins secs dans une pâte.