La atmósfera de Júpiter se asemeja a un pastel de varias capas, donde cada capa juega su papel. Los científicos tomaron datos de cuatro instrumentos a la vez — VLT/MUSE, Cassini/VIMS, IRTF/SpeX y Juno/JIRAM — y construyeron un modelo de las nubes y el amoníaco en la zona ecuatorial del planeta, desde 0,1 hasta 10 bares (una presión como la que hay a cientos de kilómetros bajo los océanos terrestres).
El modelo incluye tres componentes. El primero es una nube inferior densa a una profundidad de 1–2 bares, compuesta de partículas grandes con un radio de unos 10 µm. El segundo es una nube superior delgada a un nivel de ~0,55 bares, con partículas del mismo tamaño. El tercero es una capa de partículas que absorben el azul (radio ~0,2 µm), incrustada directamente en la nube inferior. Son estas partículas diminutas, como un filtro azul, las que absorben la luz azul y dan a las nubes su conocido tono marrón rojizo.
El perfil del amoníaco está estrechamente relacionado con las nubes: la nube inferior coincide con el inicio de la caída en la concentración de amoníaco, y la superior con el nivel de su condensación. Las propiedades espectrales de las partículas sugieren hielo de agua en la capa inferior y hielo de amoníaco en la superior. Curiosamente, los autores prescindieron de una neblina fotoquímica separada: todas las características observadas en las longitudes de onda de absorción del metano se explican por cambios en la opacidad y la extensión vertical de la nube superior. Así, el pastel de capas de la atmósfera joviana resultó más simple de lo que se pensaba.
Las partículas que tiñen de marrón las nubes de Júpiter son cien veces más pequeñas que sus vecinas transparentes — como un grano de arena junto a una manzana.
Las nubes en capas de Júpiter recuerdan a la atmósfera del planeta Bespin en 'Star Wars', donde en una ciudad en las nubes se extraía gas tibanna.