Cómo captar el momento en que una proteína se pliega exprés
Un puerto de montaña conecta dos valles. En uno, la proteína está plegada; en el otro, desplegada. Para pasar de uno a otro, hay que cruzar la silla, el punto más alto del camino. En la ciencia de las proteínas, este punto se llama estado de transición, y la coordenada que indica la distancia hasta él se denomina commitador. Pero una proteína real tiene miles de dimensiones (los ángulos de rotación de los átomos), y encontrar esa silla es casi imposible.
Los autores del trabajo reformularon el antiguo principio variacional de modo que ya no es necesario imponer condiciones rígidas en los límites. En su lugar, introdujeron una única normalización, la llamada "fidelidad". Ahora se puede usar cualquier función de prueba, incluso una que no sea cero al inicio ni uno al final. Es como trabajar con un boceto aproximado del puerto en lugar de un mapa exacto: lo importante es que la escala sea correcta.
El método se probó en tres proteínas: AIB9, vilina HP-35 y higrolina. Para las dos primeras se obtuvieron commitadores en el espacio completo de ángulos, y para la higrolina, las velocidades de plegamiento y despliegue, utilizando solo datos de muestreo de paraguas. Todo se calcula rápidamente, mediante una fórmula cerrada. Esto abre el camino para estudiar eventos raros en sistemas grandes, desde el plegamiento de proteínas hasta la formación de cristales.
Ya no es necesario asaltar el puerto de montaña a ciegas. Basta con mirar un simple mapa de altitudes.
La vilina HP-35 se pliega en solo unos microsegundos: es uno de los procesos de plegamiento más rápidos conocidos.