Семейное древо превращается в клубок, если учесть приёмных детей и повторные браки. Эволюция часто похожа на такой клубок: хотя стандартная модель — традиционное представление о дивергентной эволюции, где виды ветвятся подобно дереву — рисует аккуратное древо видов, на деле гены кочуют не только по наследству, но и напрямую между неродственными организмами — этот процесс называют горизонтальным переносом генов. Получается запутанная сеть, где линии переплетаются, образуя не простое дерево, а сложный граф с множественными связями.
Чтобы измерить, насколько сеть далека от простого дерева, учёные придумали снимать мерку: сколько лишних связей нужно оборвать или воображаемых веток добавить, чтобы распутать клубок до древовидной структуры. Иными словами, они ввели количественные метрики «древовидности», оценивающие минимальное число операций редактирования. Изучили три способа: один предписывает рвать только «неправильные» связи — те, что противоречат древовидной иерархии (так называемое удаление недревесных рёбер); другой — любые связи, чтобы разбить сеть на компоненты без циклов; третий — дорисовывать предков, добавляя гипотетические узлы, которые восстанавливают ветвление. Оказалось, что мерки не всегда совпадают: сеть может быть простой на вид, но требовать больше правок из-за хитрых узлов — локальных конфигураций, где связи образуют плотные переплетения.
Горизонтальный перенос генов — это как если бы вы вдруг получили ген от соседа и стали лучше переваривать молоко. В природе такое случается постоянно, особенно у микробов.