Un árbol genealógico se convierte en un enredo si se tienen en cuenta los hijos adoptivos y los segundos matrimonios. La evolución a menudo se parece a ese enredo: aunque el modelo estándar —la representación tradicional de la evolución divergente, donde las especies se ramifican como un árbol— dibuja un árbol de especies ordenado, en realidad los genes no solo se transmiten por herencia, sino también directamente entre organismos no emparentados; este proceso se denomina transferencia horizontal de genes. El resultado es una red enmarañada donde las líneas se entrelazan, formando no un árbol simple, sino un grafo complejo con múltiples conexiones.
Para medir cuán lejos está una red de un árbol simple, los científicos han ideado una medida: cuántas conexiones extra hay que cortar o cuántas ramas imaginarias añadir para desenredar la maraña hasta obtener una estructura arbórea. En otras palabras, introdujeron métricas cuantitativas de 'arboricidad' que estiman el número mínimo de operaciones de edición. Estudiaron tres métodos: uno prescribe romper solo las conexiones 'incorrectas', aquellas que contradicen la jerarquía arbórea (la llamada eliminación de aristas no arbóreas); otro, eliminar cualquier conexión para dividir la red en componentes sin ciclos; y el tercero, dibujar ancestros adicionales, añadiendo nodos hipotéticos que restablecen la ramificación. Resulta que las medidas no siempre coinciden: una red puede parecer simple, pero requerir más ediciones debido a nodos astutos —configuraciones locales donde las conexiones forman entrelazamientos densos.
La transferencia horizontal de genes es como si de repente recibieras un gen de tu vecino y empezaras a digerir mejor la leche. En la naturaleza esto ocurre constantemente, especialmente entre los microbios.