L'arbre généalogique se transforme en écheveau si l'on tient compte des enfants adoptés et des remariages. L'évolution ressemble souvent à un tel écheveau : bien que le modèle standard dessine un arbre des espèces bien propre, en réalité les gènes voyagent non seulement par héritage, mais aussi directement entre organismes non apparentés. On obtient un réseau enchevêtré où les lignées s'entremêlent.
Pour mesurer à quel point un réseau est loin d'un simple arbre, les scientifiques ont imaginé de prendre une mesure : combien de connexions superflues faut-il couper ou de branches imaginaires ajouter pour démêler l'écheveau. Ils ont étudié trois méthodes : l'une prescrit de ne couper que les connexions « incorrectes », une autre n'importe lesquelles, la troisième de dessiner des ancêtres supplémentaires. Il s'est avéré que les mesures ne coïncident pas toujours : un réseau peut sembler simple, mais exiger plus de corrections à cause de nœuds retors.
Le transfert horizontal de gènes, c'est comme si vous receviez soudain un gène de votre voisin et deveniez meilleur pour digérer le lait. Dans la nature, cela arrive constamment, surtout chez les microbes.