Une molécule absorbe la lumière à des fréquences bien précises, et chaque fréquence est la différence entre deux niveaux d'énergie. Si les niveaux sont des îles, les fréquences sont les distances qui les séparent. Auparavant, pour placer les îles, il fallait connaître leurs noms et construire un modèle. Désormais, on assemble la carte à partir des seules distances.
L'algorithme recherche des différences de fréquences qui se répètent. Si deux raies sont séparées par le même écart d'énergie, c'est comme deux chemins entre les mêmes îles. La fermeture de quatre de ces chemins révèle la position des niveaux eux-mêmes. À partir de 686 raies non étiquetées de l'eau, l'algorithme a reconstitué 158 niveaux d'énergie.
La précision obtenue est mille fois supérieure à celle des anciennes bases de données. La carte est assemblée, même si l'algorithme ignore les noms des îles. On pourra les ajouter plus tard, en les comparant à des cartes connues. L'essentiel est que la carte existe déjà, et qu'elle est plus précise que les précédentes.
La longueur d'absorption effective dans le résonateur du SCALS est d'environ 28 km, soit comme si la lumière traversait un échantillon de la longueur d'un marathon, alors que la cellule elle-même ne fait que 42 cm.
L'idée de reconstruire une structure cachée à partir de mesures indirectes évoque des scénarios où l'on reconstitue la carte d'un territoire inconnu à partir de fragments de données. Dans le roman « Contact » de Carl Sagan, le signal des extraterrestres contient des instructions pour construire une machine ; ici aussi, à partir de fréquences éparses, on assemble un réseau complet de niveaux.