L'atmosphère de Jupiter ressemble à un gâteau en couches, où chaque couche joue son rôle. Les scientifiques ont pris des données de quatre instruments — VLT/MUSE, Cassini/VIMS, IRTF/SpeX et Juno/JIRAM — et ont construit un modèle des nuages et de l'ammoniac dans la zone équatoriale de la planète, de 0,1 à 10 bars (une pression comparable à celle régnant à des centaines de kilomètres sous les océans terrestres).
Le modèle comprend trois composants. Le premier est un nuage inférieur dense à une profondeur de 1 à 2 bars, composé de grosses particules d'environ 10 μm de rayon. Le deuxième est un nuage supérieur mince à environ 0,55 bar, avec des particules de la même taille. Le troisième est une couche de particules absorbant le bleu (rayon ~0,2 μm), intégrée directement dans le nuage inférieur. Ce sont ces minuscules particules, comme un filtre bleu, qui absorbent la lumière bleue et donnent aux nuages leur teinte brun-rougeâtre familière.
Le profil de l'ammoniac est étroitement lié aux nuages : le nuage inférieur coïncide avec le début de la diminution de la concentration d'ammoniac, et le nuage supérieur avec son niveau de condensation. Les propriétés spectrales des particules suggèrent de la glace d'eau dans la couche inférieure et de la glace d'ammoniac dans la couche supérieure. Fait intéressant, les auteurs se sont passés d'un voile photochimique séparé : toutes les caractéristiques observées aux longueurs d'onde d'absorption du méthane s'expliquent par des variations de l'opacité et de l'extension verticale du nuage supérieur. Ainsi, le gâteau en couches de l'atmosphère jovienne s'est avéré plus simple qu'on ne le pensait.
Les particules qui colorent les nuages de Jupiter en brun sont cent fois plus petites que leurs voisines transparentes — comme un grain de sable à côté d'une pomme.
Les nuages en couches de Jupiter rappellent l'atmosphère de la planète Bespin dans « Star Wars », où l'on extrayait le gaz tibanna dans une cité nuageuse.