Белковая цепочка сворачивается в рабочую трёхмерную структуру за доли секунды — и почти никогда не ошибается, находя единственную нативную укладку среди астрономического числа возможных конформаций. Долгое время считалось, что эволюция специально шлифует последовательности аминокислот, чтобы белок не просто выполнял свою биологическую функцию, но и обладал «сворачиваемостью» — способностью легко и однозначно достигать своей нативной формы. Новая работа переворачивает это представление, показывая, что надёжное сворачивание может возникать как побочный эффект функциональных требований.
Исследователи построили компьютерную модель, чтобы проверить эту гипотезу. В модели белок представлен цепочкой на плоской решётке, состоящей из четырёх типов аминокислот, а «функцией» назначили способность образовывать заданный локальный узор — активный центр — при температуре среды T. Отбор вели строго по этой способности, ни словом не обмолвившись о том, должен ли белок вообще сворачиваться в глобальную структуру. Последовательности набирали методом мультиканонического Монте-Карло, перебирая весь диапазон приспособленности, и для каждой строили карту энергий и свободных энергий.
Результат удивил: высокоприспособленные последовательности, отобранные только по функции, сами обзаводились воронкообразным энергетическим ландшафтом — тем самым, что направляет цепочку к единственной нативной укладке, как вода скатывается к центру воронки. Причём число допустимых конечных форм у таких белков было крайне ограниченным: ландшафт жёстко детерминировал один минимум свободной энергии. А вот при низкой температуре среды картина ломалась: энергетический ландшафт становился изрытым, стеклоподобным, с множеством локальных минимумов, и структурное разнообразие резко росло. Белок словно застывал в нерешительности, не в силах выбрать одну форму из многих почти равноправных.
Кольцевая развязка возвращает нас к началу. Белковая цепочка сворачивается безошибочно не потому, что эволюция приказала ей «будь стабильной». Она сворачивается потому, что обязана работать в условиях тепловой тряски — броуновского движения молекул при температуре среды. Локальное функциональное требование — держать форму активного центра — исподволь организует всю глобальную архитектуру белка. Сворачиваемость оказывается не целью эволюции, а тихим термодинамическим эхом главной задачи — выполнения функции.
Энергетическая воронка белка напоминает ландшафт, по которому мяч сам катится в лунку: стоит чуть толкнуть цепочку — и она скатывается к единственной нативной форме.