фолдинг белка

Капля объёмом с горошину парит в воздухе, удерживаемая неслышимым звуком. Внутри неё белок ферритин, тот самый, что запасает железо в нашем теле, начинает свой танец. Вода уходит, танцорам становится тесно, и они выстраиваются в правильные ряды — так рождается кристалл. Но в этом танце есть дирижёр: полиэтиленгликоль, длинная цепочка из повторяющихся звеньев.

Клеточный слой похож на толпу людей, которые выстроились в затылок друг другу. Если в толпе есть препятствия, например два столба, люди вынуждены обходить их, и в потоке возникают завихрения. В живой ткани такие завихрения называют топологическими дефектами, и они не просто случайность, а способ ткани адаптироваться к форме окружающего пространства.

Курьер с посылкой входит в густой лес из переплетённых верёвок. Он должен доставить груз вглубь, но по дороге теряет силы, и каждый шаг даётся всё труднее. Так выглядит фермент, который разрушает плотный гель из биологических молекул. До недавнего времени никто не мог одновременно видеть, как курьер движется и как редеет лес.

Когда антитело встречает вирус, оно не вцепляется в него одним мёртвым захватом. Скорее, это похоже на то, как две грозди винограда перекатываются в воде и цепляются друг за друга десятками коротких усиков. Каждый усик сам по себе слаб — легко рвётся от теплового дрожания молекул воды, — но вместе они держат крепко.

Белковая цепочка сворачивается в рабочую трёхмерную структуру за доли секунды — и почти никогда не ошибается, находя единственную нативную укладку среди астрономического числа возможных конформаций.

Белок в клетке — не застывшая скульптура, а беспокойный механизм. Его детали непрерывно колеблются, и именно эти движения определяют, как он захватывает молекулы, передаёт сигналы или строит клеточный каркас. Но записать фильм о жизни одного-единственного белка мешали сразу две помехи. Во-первых, движения длятся миллионные доли секунды — обычные камеры просто не успевают их заметить.

Огромная библиотека, где каждая книга — точная инструкция по сборке одной молекулы белка. Нейросеть AlphaFold2 прочитала миллионы таких книг и научилась мгновенно выдавать готовую трёхмерную модель. Но внутри этой сети, в самом её «мозгу», осталось нечто большее — не просто правила сборки, а целый атлас возможных движений белка, его скрытая жизнь. Исследователи придумали способ заглянуть в этот атлас.

В мире, где числа Рейнольдса ничтожны, вода превращается в тягучий сироп, и привычные нам способы плавания перестают работать. Здесь господствует коварная теорема гребешка: симметричные движения не дают продвижения. Микроорганизмы нашли выход: они отращивают полимерные хвосты. Но что, если покрыть такими растущими нитями всю поверхность частицы — своего рода молекулярный «ковёр-самолёт»?

Огромная кулинарная книга: каждый рецепт — белок, а готовое блюдо — его работа в клетке. Чтобы приготовить сложное угощение, часто нужно смешать несколько ингредиентов и дать им «схватиться» в нужной форме. До сих пор повара-учёные могли лишь догадываться, как именно свёрнутся чужие рецепты.

Клетка похожа на библиотеку, где каждый день переписывают тысячи книг. Молекулярные машины — полимеразы и рибосомы — скользят по цепочке-шаблону и собирают копию, звено за звеном. У этих машин есть несколько состояний: они могут замедляться, ошибаться или переключаться. Раньше расчёт такого процесса занимал часы.

Порванный телефонный провод — беда, но порванная ДНК — катастрофа. Двойной разрыв (когда обе нити спирали ломаются в одном месте) грозит клетке гибелью или перерождением в раковую. К счастью, у клетки есть свой «клей» — особые белки, которые собираются в каплю прямо на месте аварии. Эта капля удерживает разорванные концы вместе, как монтажная пена фиксирует обрывки кабеля.

Толпа на городской площади ведёт себя по-разному в зависимости от того, держатся ли люди за руки. Если каждый лишь слегка касается соседа локтем, люди легко растекаются во все стороны — толпа расширяется ровным ковром. Но стоит им сцепиться пальцами, движение замедляется, и толпа разбивается на сгустки: где-то образуются плотные кучки, а между ними — пустые коридоры.

Два листа бумаги, сложенные вместе, при нагреве начинают едва заметно ползти друг по другу. Примерно так ведут себя слои дисульфида молибдена — материала толщиной в один атом. При комнатной температуре они самопроизвольно скользят со скоростью около метра в секунду.

РНК вируса SARS-CoV-2 — это не просто цепочка, а сложная конструкция. В ней есть участок, который завязывается в узел, похожий на запутанный шнурок. Этот узел помогает вирусу производить сразу два белка из одного куска генетического кода. Вирус без такого узла размножается хуже, поэтому учёные ищут вещества, которые этот узел разрушают.

Старение мозга похоже на износ моста: трещины появляются незаметно, но если вовремя укрепить опоры, конструкция простоит дольше. Такими опорами оказались три обычные вещи — сила рукопожатия, способность долго двигаться без одышки и объём лёгких. Врачи наблюдали за 51 517 британцами 12 лет и увидели: у людей с самым высоким уровнем каждой из этих способностей деменция развивалась вдвое реже, чем у самых слабых.

Болезнь Альцгеймера начинается незаметно: в глубине мозга накапливаются два белка — тау и амилоид-бета. Они ведут себя как семена сорняка: один появившийся комочек заставляет соседние клетки производить такие же комочки. Постепенно белки расползаются по нервным волокнам, словно вода по капиллярам бумажного полотенца, и захватывают новые области.

Кусок теста, если тянуть его в стороны, не растягивается равномерно: в одном месте он истончается и рвётся. Живая ткань ведёт себя похоже, но вместо разрыва в ней появляются полосы сдвига — узкие зоны, где клетки начинают скользить друг по другу, как карты в колоде при снятии.

Щупальце осьминога изгибается, хватает и тянется — и всё это без единой кости. Секрет в том, что внутри него чередуются участки, которые сокращаются, и участки, которые остаются пассивными. Учёные давно пытаются повторить этот трюк в искусственных материалах, но до сих пор не могли точно задать, как именно материал будет менять форму.

Внутри каждой клетки есть каркас из нитей — как строительные леса, которые придают ей форму и позволяют двигаться. Эти нити соединяют белки-сцепки: одни просто держат их вместе, как верёвки, а другие работают как крошечные моторы, ползущие по нитям и тянущие их друг к другу. От того, как слаженно работает эта команда, зависит, сможет ли клетка делиться, ползти или менять форму.

Мозг каждого человека покрыт извилинами, как отпечаток пальца — своим неповторимым узором. При деменции этот узор меняется, но у двух похожих болезней, Альцгеймера и деменции с тельцами Леви, изменения почти неотличимы на глаз. Врачам нужен надёжный способ их разделить, ведь лечение разное.

Белки — это молекулярные машины жизни. Они складываются в сложные трёхмерные формы, как лист бумаги в оригами. Но если бумагу сложить немного иначе, получится другая фигурка. Так и белок может принимать несколько форм, и от этого зависит его работа. Обычно учёные сравнивают белки по их последовательностям — цепочкам аминокислот.

Резинка натянута — и вдруг лопается. В мире атомов есть похожая картина: струна, связывающая частицы, может разорваться. В новой работе физики взяли цепочку атомов ридберговских атомов и проследили, как рвётся такая струна. При слабом натяжении струна рвётся полностью, и система распадается на несколько независимых кусков — как если бы резинка разлетелась на отрезки.

Внутри каждой мышцы работает молекулярная команда гребцов — это белки миозина, которые циклически захватывают нити актина, совершают силовой гребок и отпускают их. Топливом для каждого гребка служит молекула АТФ (аденозинтрифосфат) — универсальный источник энергии в клетке. Когда множество таких гребцов действуют слаженно, мышца сокращается, и тело приходит в движение.

Оболочка живой клетки — не жёсткий панцирь, а податливая плёнка, в которую встроены тысячи белков, как изюм в тесто. Когда белок меняет форму или клетка движется, плёнка прогибается: иногда едва заметно, как поверхность воды от упавшей пылинки, а иногда сильно — как простыня, если под ней вытянуть ноги.

Каждый вдох и каждое движение мышц работают на потоке электронов, который течёт через белки внутри клеток. Эти белки не статичны: они постоянно меняют форму, как пружина, которая сжимается и разжимается. Но до сих пор никто не видел, как именно эти движения открывают или закрывают путь для электронов. Слишком малы и быстры эти процессы, чтобы их можно было разглядеть обычными методами.