Mendel's law of independent assortment states that genes for different traits assort independently of one another during gamete formation.Después de que Mendel entendiera la herencia de un solo carácter, se preguntó: ¿qué pasaría si se siguieran dos a la vez? Tomó guisantes con semillas amarillas lisas y los cruzó con verdes rugosas. La primera generación, como se esperaba, fue uniforme: todas amarillas lisas. Pero en la segunda generación, además de las esperadas amarillas lisas y verdes rugosas, aparecieron dos tipos nuevos: amarillas rugosas y verdes lisas. Y en proporciones estrictas: 9 amarillas lisas, 3 amarillas rugosas, 3 verdes lisas y 1 verde rugosa. Mendel comprendió: los genes de diferentes caracteres se distribuyen en los gametos independientemente unos de otros, como si la naturaleza barajara dos mazos de cartas separados. Hoy sabemos que esto es válido para genes situados en cromosomas diferentes o muy alejados entre sí en un mismo cromosoma.
Gregor Mendel describió la ley en el mismo trabajo de 1866 donde expuso también la ley de la segregación. Realizó cruces dihíbridos y trihíbridos de guisantes y demostró que los caracteres se combinan independientemente. Tras el redescubrimiento de las leyes de Mendel en 1900, la ley de la segregación independiente fue confirmada en experimentos con diversos organismos. Sin embargo, en 1906 William Bateson y Reginald Punnett descubrieron la herencia ligada en el guisante de olor, lo que llevó a comprender las limitaciones de la ley. Thomas Hunt Morgan y sus discípulos, en la década de 1910, demostraron en la mosca de la fruta que los genes están dispuestos linealmente en los cromosomas, y que la herencia independiente es característica solo de genes de cromosomas diferentes o muy alejados entre sí en un mismo cromosoma.
La ley es la base de la variabilidad combinatoria, la principal fuente de diversidad genética en la reproducción sexual. Permite a los fitomejoradores combinar en un mismo organismo caracteres útiles de diferentes líneas parentales y predecir la proporción de descendientes con la combinación deseada. En genética médica, la ley se utiliza para calcular la probabilidad de que nazca un niño con dos enfermedades recesivas independientes. Límites de aplicabilidad: la ley se cumple solo para genes localizados en cromosomas diferentes o a una distancia considerable entre sí en un mismo cromosoma (frecuencia de entrecruzamiento > 50%). En caso de ligamiento estrecho, los genes se heredan juntos y las proporciones se desvían de las mendelianas.
Los fitomejoradores, al cruzar una variedad de trigo con espiga grande pero baja resistencia a la roya, y una variedad con espiga pequeña pero alta resistencia, pueden obtener una planta que combine ambos caracteres útiles. La ley explica por qué en una misma camada de cachorros puede haber individuos con diferentes combinaciones de color y longitud del pelaje.
Mendel comprobó la ley en siete caracteres del guisante, y todos ellos se heredaban de forma independiente. Más tarde se descubrió que tuvo una suerte increíble: los genes de estos caracteres en el guisante están ubicados en siete cromosomas diferentes, y el guisante tiene exactamente siete. Si al menos dos genes hubieran estado cerca en el mismo cromosoma, habría observado ligamiento y quizás no habría formulado su ley.



