процесс

эпигенетическое старение

Накопление химических модификаций ДНК, которое отслеживает биологический возраст независимо от хронологического.
34 статьи

Описание

Эпигенетическое старение — это идея о том, что в организме есть вторые часы помимо календарных. Помимо последовательности ДНК, которую вы наследуете, клетки прикрепляют к ДНК и к упаковывающим её белкам небольшие химические метки. Одна из наиболее изученных — метильная группа, один атом углерода с тремя атомами водорода, которая может присоединяться к основанию цитозину, обычно там, где цитозин стоит рядом с гуанином. Эти метки не меняют буквы генетического кода, но меняют то, какие гены клетка может прочитать. С течением жизни рисунок меток смещается довольно закономерно: на одних участках метилирование усиливается, на других ослабевает. Поскольку это смещение настолько согласованно, по образцу крови или ткани можно оценить биологический возраст человека, который может опережать или отставать от числа прожитых дней рождения. Это важно, потому что два человека одного возраста могут сильно различаться по здоровью, и картина метилирования, по-видимому, отражает часть этого различия. Это помогает объяснить, почему у одних людей возрастные заболевания развиваются раньше, чем у других, и даёт исследователям измеримую величину, чтобы проверять, замедляет ли диета, лекарство или изменение образа жизни сам процесс старения, а не просто лечит симптомы.

История

Связь между метилированием ДНК и старением разрабатывалась начиная с 1960-х годов, но современные эпигенетические часы появились в работах Стива Хорвата и других учёных в 2010-х годах, которые показали, что небольшая группа CpG-сайтов может предсказывать возраст в разных тканях.

Как это работает

Ферменты под названием ДНК-метилтрансферазы присоединяют метильные группы к цитозинам, обычно в CpG-сайтах, где за C следует G. Другие ферменты могут удалять или изменять эти метки. При репликации ДНК рисунок копируется неточно и формируется под влиянием истории использования клетки, поэтому он постепенно меняется с возрастом. Модели машинного обучения обучаются на тысячах образцов с известным возрастом, выявляя, какие CpG-сайты меняются предсказуемо. Получив новый образец, модель считывает уровни метилирования в этих сайтах и выдаёт оценку возраста. Разницу между этой оценкой и истинным хронологическим возрастом часто называют ускорением старения.

Где применяется

Эпигенетические часы используются в исследованиях лекарств от старения и вмешательств в образ жизни, а всё чаще — в крупных популяционных исследованиях для оценки риска заболеваний.

Любопытный факт

Некоторые эпигенетические часы работают у многих видов млекопитающих, поэтому одна и та же математическая модель может оценить возраст мыши, собаки и человека по метилированию их ДНК.

Статьи по теме · 34

Две оси жизни: как анализ крови 11 124 человек нарисовал карту взросления и старения
Представьте, что каждый анализ крови — это точка на большой карте. Если нанести на неё тысячи таких точек, они не рассыплются хаотично, а выстроятся вдоль двух главных дорог. Одна дорога отделяет мужчин от женщин, вторая тянется от юности к старости. По этим дорогам можно увидеть, как человек взрослеет, живёт и стареет.
Сторожевые псы, забывшие, как лаять: Т-клетки при диабете
Сторожевой пёс, который вместо лая на чужака зевает и отворачивается, — плохой охранник. Примерно так ведут себя CD8+ Т-клетки у людей с диабетом второго типа. Эти клетки — профессиональные убийцы: они патрулируют организм, находят заражённые или переродившиеся клетки и уничтожают их. Но при диабете что-то ломается в самой системе распознавания, и сторожевые псы перестают узнавать врага.
Геномные ниши стареющего мозга
Мозг похож на город, где каждая клетка — житель, а её судьба зависит от соседей. Раньше считалось, что старение каждой клетки — её личное дело: накопились повреждения в ДНК, значит, клетка износилась сама по себе. Но новое исследование показывает, что даже способность клетки чинить свою ДНК зависит от того, кто живёт рядом.
Полутень инсульта: как возраст переписывает судьбу спасаемой ткани
Инсульт похож на внезапный обрыв моста: часть дороги рушится сразу, а соседние пролёты ещё держатся, но уже трещат. В мозге эту зону называют полутенью — ткань вокруг очага, где кровоток ослаб, но клетки пока живы. Спасти их можно, если быстро восстановить кровоснабжение. Однако у пожилых людей, которые переносят инсульт чаще всего, этот «ремонт» идёт хуже, и до сих пор было неясно почему.
Цена потомства: что гены говорят о компромиссе между размножением и долголетием
Семейные архивы Нидерландов хранят записи о браках с 1600 года. Из этих записей, как из старой бухгалтерской книги, можно извлечь две колонки: сколько детей родилось у человека и сколько лет он прожил. Эволюционные биологи уже полвека спорят, связаны ли эти колонки между собой.
Доза движения: сколько нужно тренироваться, чтобы отмотать биологические часы назад
Представьте, что биологический возраст — это счётчик, который тикает в каждой клетке. Иногда он спешит, иногда отстаёт от паспортного, и учёные научились считывать его показания по химическим меткам на ДНК. Эти метки — как зарубки на косяке двери, отмечающие рост ребёнка: по ним можно понять, насколько тело постарело изнутри.
Карта здорового старения: как Индия собирает свой первый эталон
В комнате с томографом Siemens Magnetom Lumina человек лежит неподвижно 45 минут, пока магнитное поле рисует карту его мозга. Рядом ждут своей очереди пробирки для крови, ножницы для пряди волос и ноутбук с тестами на память. Так в Хайдарабаде начинается сборка первого атласа здорового старения для целой страны. Индия стареет быстрее, чем успевает обновлять медицинские справочники.
Пружина страха: почему ранний стресс сначала раздувает, а потом истощает амигдалу
В тихой комнате психолога четырнадцатилетний подросток заполняет опросник о детстве. Баллы растут, а вместе с ними на снимках МРТ растёт и миндалевидное тело — амигдала, маленький узел в глубине мозга, который учит бояться и помнить опасность. У крысы, которую три часа в день держат в тесной трубке, та же структура увеличивается быстрее, чем у её спокойных сородичей.
Прикосновение к себе: как возраст меняет язык кожи
Кожа запоминает прикосновения, как старая карта запоминает дороги: линии, которые мы часто проводим пальцем, со временем становятся глубже, а те, что редко, — стираются. В новом исследовании учёные попросили 43 женщины двух возрастов нанести крем на щёку или предплечье и описать свои ощущения сорока словами.
Две тропы через один лес: как стареет мозг
Лес стареет по-разному. В одном месте деревья редеют постепенно, как будто устали расти, а в другом — упорно цепляются за жизнь, тратя силы на починку повреждённых ветвей. Примерно так же выглядит старение коры мозга, если посмотреть на неё через призму тысяч МРТ-снимков. Учёные взяли снимки 952 здоровых людей и разбили кору на 148 участков.
Старение симпатических нервов: почему мужская кожа теряет иннервацию быстрее
В старой коже мышиного самца каждый третий волосяной фолликул остаётся без нерва — как дом, от которого отошёл электрический провод. Розетка при этом цела: сами нейроны, спрятанные в нервных узлах вдоль позвоночника, никуда не делись. Они живы и не собираются умирать. Просто их длинные отростки, аксоны, отступают от волосяных луковиц, теряя связь с местом работы.
Точность, которая не мешает переменам
Архитектор укрепляет фундамент, но оставляет дверь для перестройки: так живые системы балансируют между надёжностью и обновлением. Клетка копирует наследственную информацию с точностью, какой позавидует любой переписчик, но при этом умеет допускать изменения, которые помогают выжить в новых условиях.
Возраст меняет не силу иммунитета, а его расписание
Кожа пожилого человека похожа на оркестр, где музыканты на месте, инструменты настроены, но дирижёр выходит на сцену позже, чем нужно. Заражение золотистым стафилококком запускает в коже сложный концерт иммунных клеток, и раньше казалось, что с возрастом оркестр просто играет тише. Новые данные показывают: дело не в громкости, а в том, что у пожилых дирижёр опаздывает, а некоторые музыканты вообще не вступают.
Моча как зеркало возраста: поправка на фильтр
Переводчик, который наконец выключил шум в зале, впервые слышит каждое слово. Так и мочевые часы старения долго путали шум почек с сигналом возраста: почки фильтруют мочу, и их работа меняет набор белковых обломков, по которым судят об износе организма. Исследователи собрали мочу у 1811 человек со здоровыми почками и обучили модель предсказывать возраст по 12 019 пептидам (мелким белковым обломкам).
Стресс превращает микроглию в двух разных стариков
В мозге пожилого человека есть клетки, которые должны убирать мусор и защищать нейроны. Но с возрастом они сами становятся источником проблем: перестают делиться и начинают постоянно выделять воспалительные молекулы. Это похоже на двух стариков, которые приходят в один и тот же дом престарелых разными дорогами.
Старение стирает органную специализацию эндотелия
В большом оркестре каждый музыкант знает свою партию: скрипач ведёт мелодию, виолончель держит бас, флейта вступает в паузах. Если однажды скрипач начнёт играть партию валторны, музыка развалится, хотя инструменты останутся целы. Примерно так устроена сеть кровеносных сосудов: клетки, выстилающие их изнутри, в каждом органе играют свою роль.
Сжимаем часы старения: 212 меток вместо тысячи
В комнате для собеседований тысяча кандидатов, но в штат возьмут только двести. Раньше казалось, что для точной оценки возраста по ДНК нужно опросить каждого из тысячи участков, где химическая метка меняет активность гена. Теперь видно: можно выслушать лишь пятую часть, а итоговое решение почти не изменится.
Дым раннего детства переписывает иммунитет на годы
В сентябре 2020 года небо над Орегоном стало оранжевым от лесных пожаров. Пятнадцать детёнышей макак-резусов, родившихся за несколько месяцев до этого, дышали этим дымом девять дней подряд — просто потому, что жили в уличных вольерах. Через четыре года их кровь рассказала историю, которую никто не ожидал услышать.
Часы, которые тикают в клетках
Судебный эксперт приходит на место преступления и снимает отпечатки пальцев. Так же работают эпигенетические часы: по химическим меткам на ДНК они определяют, насколько клетка состарилась. Опухоль оставляет свои «отпечатки» — и почти всегда они говорят о дряхлости. Исследователи взяли 5528 образцов из базы TCGA, где лежат данные о метилировании ДНК при восьми типах рака.
Лишняя хромосома: как оркестр мозга сбивается с партитуры
В оркестре, который репетирует симфонию, каждый музыкант должен вовремя взять свою партию. Если скрипач вдруг решит, что он виолончель, а флейтист заиграет партию трубы, музыка превратится в шум.
Когда старение отменяется: рост как лекарство от времени
Гренландская акула плавает в холодной воде четвёртое столетие, и с каждым годом её шансы умереть не растут, а падают. Это не чудо, а результат эволюционного компромисса, который до сих пор ускользал от теории. Организм похож на семейный бюджет, который нельзя потратить дважды: каждую единицу энергии можно вложить в размножение, рост или починку тела.
COFITAGE: портрет стареющего мозга в пяти измерениях
В 2023 году в Бельгии 101 человек в возрасте от 50 до 69 лет провёл несколько дней в лаборатории, где его мозг сканировали, записывали сон и просили решать задачи на память и внимание. Так родился набор данных COFITAGE, в котором каждый участник описан с пяти сторон: молекулярной, структурной, физиологической, генетической и когнитивной.
Награда как педаль газа: почему с возрастом она жмётся слабее
Денежная купюра, приклеенная к финишной черте, заставляет руку лететь быстрее. В лаборатории такую купюру заменили монетой в 50 пенсов, а финишную черту — целью на экране. Исследователи пригласили 28 молодых людей и 28 пожилых, посадили их за рукоятку робота и попросили вести курсор к цели. Иногда за быстроту и точность платили, иногда нет.
Зрачок как окно в стареющий мозг
В тёмной комнате сканера человек следит за редкими вспышками на экране. Инфракрасная камера снимает его зрачок тысячу раз в секунду, а магнитно-резонансный томограф в это время записывает, какие участки мозга включаются.
Капля, которая изнутри превращается в губку
Внутри клетки есть крошечные капли, которые не имеют оболочки, но ведут себя как отдельные отсеки. Одна из таких капель, состоящая из одинаковых коротких фрагментов РНК, напоминает свежий холодец: она прозрачная, упругая и легко меняет форму. Но если за ней наблюдать достаточно долго, внутри неё начинает расти что-то похожее на губку.
Вода как часы: как уровень натрия в крови выдает биологический возраст
Вода в нашем теле работает как тормозная жидкость в автомобиле: пока ее достаточно, все механизмы движутся плавно, но стоит уровню упасть, и каждая деталь начинает изнашиваться быстрее. Ученые решили проверить, насколько сильно этот износ ускоряется, если человек хронически недопивает, и как это можно заметить по обычному анализу крови.
Два груза на одной верёвке: метаболический возраст и сердечно-сосудистые болезни
Человек тащит два мешка в гору. Один набит сахаром, который тело не может усвоить. Второй наполнен годами, которые тело прожило быстрее, чем календарь. Пока мешки лёгкие, идти можно. Но если оба наполнить доверху, ноги подкашиваются, и человек падает не с одной болезнью, а сразу с несколькими. Именно такую картину увидели исследователи, девять лет наблюдавшие за 8767 жителями Китая в проекте CHARLS.
Два компаса памяти: почему пожилые путают подсолнухи с миндалём
Пожилой человек уверенно говорит, что в списке было слово «подсолнух», хотя там был только «миндаль». Оба слова связаны с маслом, и этой смысловой нити оказалось достаточно, чтобы мозг достроил воспоминание. Память работает как компас: одна стрелка указывает на смысл, другая на порядок событий. С возрастом одна из стрелок начинает перевешивать.
Соседство, которое ускоряет биологические часы
Каждое утро, пока родители ещё спят, тысячи детей просыпаются под гул автострады. Этот гул становится первым звуком их жизни, а район, где они родились, — первой стартовой площадкой. Одни дети начинают путь на ровной дорожке, другие — на бегущей вверх дорожке, и темп их биологических часов различается с первых шагов. Именно это показало исследование, которое проследило 570 детей от рождения до 13 лет.
Как ранние токсиканты переписывают половую программу печени
Печень — это оркестр, где каждая клетка играет свою партию по общей партитуре. У самцов и самок партитуры разные: у первых громче звучат гены, отвечающие за обезвреживание чужеродных веществ и стероидных гормонов, у вторых — гены жирового обмена и желчных кислот. Этим оркестром дирижируют половые гормоны и гормон роста, задавая ритм с первых дней жизни.
Архивная лента здоровья: как метилирование ДНК заменяет анализы крови
Капля крови на фильтровальной бумаге хранит не только клетки, но и запись того, что происходило с организмом в последние месяцы. Эта запись не в генах, а на генах: химические метки, которые клетки вешают на ДНК, меняются от еды, стресса, болезней и возраста. Учёные научились читать эту архивную ленту, чтобы восстановить картину здоровья без повторных визитов в лабораторию.
Мышца стареет с краёв: что закрывается в хроматине
Представьте пульт управления мышцей, с которого с возрастом снимают кнопки. Сначала пропадают кнопки, отвечающие за отклик на гормоны, затем те, что запускают восстановление после нагрузки. Исследователи изучили ядра клеток из биопсий латеральной широкой мышцы бедра у 287 доноров от 20 до 79 лет и увидели, как именно исчезают эти кнопки на уровне упаковки ДНК.
ПТСР ускоряет биологические часы у ветеранов
Биологические часы идут у всех, но у некоторых они тикают быстрее. У ветеранов с посттравматическим стрессовым расстройством (ПТСР) стрелка словно получает дополнительный толчок.
Молодость, которая пережила пересадку
Стволовые клетки крови похожи на запасные ключи от дома: они открывают дверь в любую комнату, но со временем стираются и начинают заедать. У пожилого человека такие ключи хуже справляются с замками, и кровь обновляется медленнее. Учёные давно ищут способ сделать дубликат, который останется новым даже после долгого использования.