طي البروتين

قطرة بحجم حبة البازلاء تطفو في الهواء، يثبّتها صوت لا تسمعه الأذن. في داخلها يبدأ بروتين الفيريتين، وهو ذاته الذي يخزّن الحديد في أجسامنا، رقصته الخاصة. يتبخر الماء، ويضيق المكان على الراقصين، فيصطفّون في صفوف منتظمة: هكذا تولد البلورة. لكن في هذه الرقصة قائد أوركسترا هو بولي إيثيلين جليكول، سلسلة طويلة من وحدات متكررة. وطول هذه السلسلة هو ما يحدد كيف تتجمع البروتينات معًا، وكم تصمد صفوفها.

تشبه الطبقة الخلوية حشداً من الناس يقفون الواحد خلف الآخر. إذا وُجدت عوائق في الحشد، مثل عمودين، يضطر الناس إلى الالتفاف حولهما، فتظهر دوامات في التدفق. في الأنسجة الحية، تُسمى هذه الدوامات بالعيوب الطوبولوجية، وهي ليست مجرد صدفة، بل وسيلة يتكيف بها النسيج مع شكل الفضاء المحيط. قام الباحثون بزراعة طبقة من الخلايا العضلية على ركيزة تحتوي على حفرة دائرية وعمودين أسطوانيين متماثلين. تراوح قطر العمودين بين 0.1 و0.4 ملم.

ساعي يحمل طرداً يدخل غابة كثيفة من الحبال المتشابكة. عليه أن يوصل الحمولة إلى العمق، لكنه يفقد قوته في الطريق، ويصبح كل خطوة أصعب من سابقتها. هكذا يبدو الإنزيم الذي يفكك هلاماً كثيفاً من الجزيئات البيولوجية. حتى وقت قريب، لم يستطع أحد أن يرى في الوقت نفسه كيف يتحرك الساعي وكيف تخلخل الغابة.

عندما يلتقي جسم مضاد بفيروس، فإنه لا يعتصره بقبضة واحدة مميتة. بل يشبه ذلك عنقودي عنب يتدحرجان في الماء ويتشبثان ببعضهما بعشرات المحاليق القصيرة. كل محلق ضعيف بذاته — ينفصل بسهولة بسبب الاهتزاز الحراري لجزيئات الماء — لكنها معًا تمسك بقوة.

تطوى سلسلة البروتين إلى بنية ثلاثية الأبعاد وظيفية في أجزاء من الثانية — ولا تخطئ أبدًا تقريبًا، إذ تجد الطية الأصلية الوحيدة بين عدد فلكي من التشكلات الممكنة. لفترة طويلة، كان يُعتقد أن التطور يصقل تسلسلات الأحماض الأمينية خصيصًا ليكون البروتين قادرًا ليس فقط على أداء وظيفته البيولوجية، بل أيضًا على امتلاك «قابلية الطي» — القدرة على بلوغ شكله الأصلي بسهولة ووضوح.

البروتين في الخلية ليس تمثالًا جامدًا، بل آلية لا تستقر. أجزاؤه تهتز باستمرار، وهذه الحركات هي التي تحدد كيف يلتقط الجزيئات، أو ينقل الإشارات، أو يبني الهيكل الخلوي. لكن تسجيل فيلم عن حياة بروتين واحد كان يواجه عائقين في وقت واحد. أولًا، تستمر الحركات أجزاء من المليون من الثانية — والكاميرات العادية ببساطة لا تلتقطها.

مكتبة ضخمة، كل كتاب فيها تعليمات دقيقة لتجميع جزيء بروتين واحد. قرأت الشبكة العصبية AlphaFold2 ملايين من هذه الكتب وتعلمت أن تُخرج فوراً نموذجاً ثلاثي الأبعاد جاهزاً. لكن داخل هذه الشبكة، في «دماغها»، بقي شيء أكبر — ليس مجرد قواعد التجميع، بل أطلس كامل للحركات الممكنة للبروتين، حياته الخفية. ابتكر الباحثون طريقة للاطلاع على هذا الأطلس.

في عالم حيث أعداد رينولدز ضئيلة، يتحول الماء إلى شراب لزج، وتتوقف طرق السباحة المألوفة لدينا عن العمل. هنا تسود نظرية المحارة الخبيثة: الحركات المتماثلة لا تُنتج تقدماً. وجدت الكائنات الدقيقة مخرجاً: إنها تُنمي أذيالاً بوليمرية.

كتاب طبخ ضخم: كل وصفة عبارة عن بروتين، والطبق النهائي هو وظيفته في الخلية. لتحضير وجبة معقدة، غالبًا ما تحتاج إلى مزج عدة مكونات والسماح لها "بالتماسك" بالشكل الصحيح. حتى الآن، كان بإمكان الطهاة العلماء فقط التخمين حول كيفية طي وصفات الآخرين.

الخلية تشبه مكتبة يُعاد فيها نسخ آلاف الكتب كل يوم. الآلات الجزيئية — البوليميرات والريبوسومات — تنزلق على طول السلسلة القالب وتجمع نسخة، حلقة بعد حلقة. لهذه الآلات عدة حالات: يمكن أن تتباطأ، أو تخطئ، أو تتحول. سابقًا، كان حساب مثل هذه العملية يستغرق ساعات. وجد مؤلفو العمل حلًا رياضيًا دقيقًا.

سلك هاتف مقطوع كارثة، لكن الحمض النووي المقطوع كارثة أكبر. الكسر المزدوج (عندما ينكسر الخيطان الحلزونيان في نفس المكان) يهدد الخلية بالموت أو التحول إلى خلية سرطانية. لحسن الحظ، تمتلك الخلية "غراءها" الخاص — بروتينات خاصة تتجمع في قطرة في مكان الحادث مباشرة. هذه القطرة تمسك الأطراف المقطوعة معًا، مثل رغوة التثبيت التي تثبت أجزاء الكابل المقطوع.

يتصرف الحشد في ساحة المدينة بشكل مختلف اعتمادًا على ما إذا كان الناس ممسكين بأيدي بعضهم البعض. إذا كان كل شخص يلامس جاره بمرفقه فقط، يسهل انتشار الناس في كل الاتجاهات — يتمدد الحشد كسجادة متساوية. ولكن بمجرد أن يتشابكوا بأصابعهم، تتباطأ الحركة وينقسم الحشد إلى كتل: تتشكل تجمعات كثيفة هنا وهناك، وبينها ممرات فارغة. هذا تقريبًا ما تفعله الخلايا الحية عندما تنمو وتستكشف الفضاء.

ورقتان من الورق موضوعتان معًا تبدأان بالانزلاق البطيء فوق بعضهما عند التسخين. هذا تقريبًا ما تفعله طبقات ثنائي كبريتيد الموليبدينوم، وهي مادة بسماكة ذرة واحدة. في درجة حرارة الغرفة، تنزلق تلقائيًا بسرعة تقارب مترًا في الثانية. كان يُعتقد سابقًا أن تحريك الطبقات يتطلب تجاوز حاجز، كما لو كنت تسحب صندوقًا ثقيلًا فوق عتبة الباب.

الحمض النووي الريبوزي لفيروس SARS-CoV-2 ليس مجرد سلسلة، بل بنية معقدة. فيه جزء يعقد على شكل عقدة تشبه رباط حذاء متشابكًا. تساعد هذه العقدة الفيروس على إنتاج بروتينين من قطعة واحدة من الشيفرة الوراثية. الفيروس الذي يفتقر إلى هذه العقدة يتكاثر بشكل أسوأ، لذلك يبحث العلماء عن مواد تكسر هذه العقدة.

شيخوخة الدماغ تشبه تآكل جسر: الشقوق تظهر دون أن يلاحظها أحد، لكن إذا قوّيت الدعامات في الوقت المناسب، فسيصمد البناء لفترة أطول. هذه الدعامات هي ثلاثة أمور عادية: قوة المصافحة، والقدرة على الحركة الطويلة دون ضيق في التنفس، وحجم الرئتين. راقب الأطباء 51,517 بريطانيًا لمدة 12 عامًا ولاحظوا: لدى الأشخاص الذين يتمتعون بأعلى مستوى من كل من هذه القدرات، تطور الخرف بمعدل النصف مقارنة بالأضعف.

يبدأ مرض الزهايمر بشكل خفي: في أعماق الدماغ يتراكم بروتينان — تاو وأميلويد-بيتا. يتصرفان مثل بذور الأعشاب الضارة: كتلة واحدة تظهر تجعل الخلايا المجاورة تنتج كتلًا مماثلة. تدريجيًا، تنتشر البروتينات عبر الألياف العصبية، مثل الماء عبر شعيرات منشفة ورقية، وتستولي على مناطق جديدة. تاو وأميلويد-بيتا ليسا مجرد نفايات.

قطعة العجين، إذا مددتها من الجانبين، لا تتمدد بشكل متساوٍ: في مكانٍ ما تصبح أرق وتتمزق. النسيج الحي يتصرف بشكل مشابه، لكن بدل التمزق تظهر فيه أشرطة انزلاقية — مناطق ضيقة تبدأ فيها الخلايا بالانزلاق فوق بعضها، مثل أوراق اللعب عند قصّها. هذه الأشرطة تقسم النسيج إلى مناطق تتصرف بشكل مختلف: بعضها يبقى مرنًا، وبعضها يصبح سائلًا.

يَلتوي ذراع الأخطبوط ويمسك ويمتد — وكل ذلك دون عظمة واحدة. السر أن داخله تتناوب مناطق تنقبض ومناطق تبقى سلبية. حاول العلماء منذ زمن طويل تكرار هذه الحيلة في مواد اصطناعية، لكنهم لم يتمكنوا حتى الآن من تحديد بدقة كيف ستغير المادة شكلها. الآن اقترح الباحثون طباعة خيوط مرنة على طابعة ثلاثية الأبعاد من مادتين في آن واحد.

داخل كل خلية يوجد هيكل من الخيوط، مثل السقالات التي تمنحها شكلها وتسمح لها بالحركة. تربط هذه الخيوط بروتينات رابطة: بعضها يمسكها معًا فقط، مثل الحبال، والبعض الآخر يعمل كمحركات صغيرة تزحف على الخيوط وتسحبها نحو بعضها البعض. تعتمد قدرة الخلية على الانقسام أو الزحف أو تغيير شكلها على مدى انسجام عمل هذا الفريق.

دماغ كل إنسان مغطى بالتلافيف، مثل بصمة الإصبع — بنمط فريد خاص به. عند الخرف، يتغير هذا النمط، لكن في مرضين متشابهين، الزهايمر والخرف المصحوب بأجسام ليوي، تكون التغييرات شبه متطابقة بالعين المجردة. يحتاج الأطباء إلى طريقة موثوقة للتفريق بينهما، لأن العلاج مختلف. لفت العلماء انتباههم إلى نقاط خاصة تلتقي عندها ثلاث تلافيف في آن واحد — مثل هذه التقاطعات على سطح الدماغ.

البروتينات هي الآلات الجزيئية للحياة. تطوى لتكوّن أشكالاً ثلاثية الأبعاد معقدة، مثل طيّ ورقة لتكوين شكل بالأوريغامي. لكن إذا طويت الورقة بشكل مختلف قليلاً، تحصل على شكل آخر. كذلك البروتين يمكن أن يتخذ عدة أشكال، وهذا يحدد وظيفته. عادةً ما يقارن العلماء البروتينات بتسلسلاتها — سلاسل الأحماض الأمينية. هذا يشبه مقارنة نصوص الكتب دون النظر إلى الرسوم التوضيحية. لكن الآن ظهرت أداة EMERALD-UI.

شريط مطاطي مشدود — وفجأة ينقطع. في عالم الذرات هناك صورة مشابهة: الوتر الذي يربط الجسيمات يمكن أن يتمزق. في عمل جديد، أخذ الفيزيائيون سلسلة من ذرات ريدبيرج وتتبعوا كيفية تمزق هذا الوتر. عند الشد الضعيف، يتمزق الوتر تمامًا، وينقسم النظام إلى عدة أجزاء مستقلة — كما لو أن الشريط المطاطي تطاير إلى قطع.

داخل كل عضلة يعمل فريق جزيئي من المجذّفين — وهي بروتينات الميوسين التي تلتقط خيوط الأكتين بشكل دوري، وتقوم بضربة قوة، ثم تطلقها. الوقود لكل ضربة هو جزيء الأدينوسين ثلاثي الفوسفات (ATP) — مصدر الطاقة العالمي في الخلية. عندما يعمل العديد من هؤلاء المجذّفين بتناغم، تنقبض العضلة ويتحرك الجسم.

غشاء الخلية الحية ليس صدفة صلبة، بل غشاء رقيق مرن، مدمجة فيه آلاف البروتينات، مثل الزبيب في العجين. عندما يغيّر البروتين شكله أو تتحرك الخلية، ينحني الغشاء: أحيانًا بشكل بالكاد ملحوظ، مثل سطح الماء عند سقوط ذرة غبار، وأحيانًا بشدة — مثل ملاءة السرير إذا مددت ساقيك تحتها.

كل نفس وكل حركة عضلية تعمل بفضل تدفق الإلكترونات عبر البروتينات داخل الخلايا. هذه البروتينات ليست ثابتة؛ فهي تغير شكلها باستمرار، مثل نابض ينضغط ويتمدد. لكن حتى الآن لم يرَ أحد كيف تفتح هذه الحركات الطريق أمام الإلكترونات أو تغلقه. فهذه العمليات أصغر وأسرع من أن تُرى بالطرق التقليدية. المنصة الجديدة QTOP-trap تلتقط بروتينًا واحدًا في بؤرة ليزر، مثل ملقط، وتمرر عبره تيارًا كهربائيًا في الوقت نفسه.