repliement des protéines

Une goutte de la taille d'un petit pois flotte dans l'air, retenue par un son inaudible. À l'intérieur, la protéine ferritine, celle-là même qui stocke le fer dans notre corps, entame sa danse. L'eau s'en va, les danseurs se sentent à l'étroit et s'alignent en rangs bien ordonnés : ainsi naît un cristal.

Une couche de cellules ressemble à une foule de personnes alignées les unes derrière les autres. Si des obstacles se trouvent dans la foule, par exemple deux poteaux, les gens doivent les contourner et des tourbillons apparaissent dans le flux.

Un coursier chargé d'un colis s'enfonce dans une forêt dense de cordes entrelacées. Il doit livrer sa cargaison au cœur du bois, mais en chemin il perd ses forces, et chaque pas lui coûte davantage. Voilà à quoi ressemble une enzyme qui dégrade un gel dense de molécules biologiques. Jusqu'à récemment, personne ne pouvait voir à la fois comment le coursier se déplace et comment la forêt s'éclaircit.

Lorsqu'un anticorps rencontre un virus, il ne s'y agrippe pas par une prise unique et définitive. C'est plutôt comme deux grappes de raisin qui roulent dans l'eau et s'accrochent l'une à l'autre par des dizaines de petits tentacules.

La chaîne protéique se replie en un outil fonctionnel en une fraction de seconde — et ne se trompe presque jamais. On a longtemps pensé que l'évolution polissait spécialement les séquences d'acides aminés pour que la protéine non seulement fonctionne, mais trouve aussi facilement sa forme unique. Ces nouveaux travaux renversent cette conception.

Une protéine dans la cellule n'est pas une sculpture figée, mais un mécanisme agité. Ses pièces vibrent sans cesse, et ce sont ces mouvements qui déterminent comment elle capture des molécules, transmet des signaux ou construit le squelette cellulaire. Mais filmer la vie d'une seule protéine se heurtait à deux interférences.

Une immense bibliothèque où chaque livre est une instruction précise pour assembler une molécule de protéine. Le réseau de neurones AlphaFold2 a lu des millions de ces livres et a appris à fournir instantanément un modèle tridimensionnel prêt à l'emploi.

Dans un monde où les nombres de Reynolds sont infimes, l'eau se transforme en sirop visqueux et les méthodes de nage habituelles cessent de fonctionner. Ici règne le redoutable théorème du peigne : les mouvements symétriques ne produisent aucune progression. Les micro-organismes ont trouvé la parade : ils font pousser des queues polymères.

Une immense cuisine : chaque recette est une protéine, et le plat final, c'est son travail dans la cellule. Pour préparer un mets complexe, il faut souvent mélanger plusieurs ingrédients et les laisser « prendre » dans la bonne forme. Jusqu'ici, les chefs-scientifiques ne pouvaient que deviner comment les recettes des autres se replieraient.

La cellule ressemble à une bibliothèque où l'on recopie chaque jour des milliers de livres. Les machines moléculaires – polymérases et ribosomes – glissent le long du brin modèle et assemblent une copie, maillon par maillon. Ces machines ont plusieurs états : elles peuvent ralentir, se tromper ou changer de mode.

Un fil téléphonique coupé, c'est embêtant, mais de l'ADN cassé, c'est une catastrophe. Une cassure double brin (lorsque les deux brins de l'hélice se brisent au même endroit) menace la cellule de mort ou de transformation cancéreuse.

Une foule sur une place de ville se comporte différemment selon que les gens se tiennent par la main ou non. Si chacun ne fait qu'effleurer le coude de son voisin, les gens se dispersent facilement dans toutes les directions — la foule s'étend comme un tapis uniforme.

Deux feuilles de papier superposées, lorsqu'on les chauffe, commencent à ramper imperceptiblement l'une sur l'autre. C'est à peu près ce que font les couches de disulfure de molybdène, un matériau d'un atome d'épaisseur. À température ambiante, elles glissent spontanément à une vitesse d'environ un mètre par seconde.

L'ARN du virus SARS-CoV-2 n'est pas un simple fil, mais une structure complexe. Il contient une région qui se replie en un nœud, semblable à un lacet emmêlé. Ce nœud aide le virus à produire deux protéines à partir d'un seul segment de code génétique.

Le vieillissement du cerveau ressemble à l'usure d'un pont : les fissures apparaissent sans qu'on les remarque, mais si l'on renforce les piliers à temps, la structure tient plus longtemps. Ces piliers se sont révélés être trois choses ordinaires : la force de la poignée de main, la capacité à bouger longtemps sans essoufflement et la capacité pulmonaire.

La maladie d'Alzheimer commence insidieusement : au plus profond du cerveau, deux protéines s'accumulent : la protéine tau et l'amyloïde-bêta. Elles se comportent comme des graines de mauvaise herbe : un amas qui apparaît pousse les cellules voisines à produire des amas similaires.

Un morceau de pâte, si on le tire sur les côtés, ne s'étire pas uniformément : à un endroit, il s'amincit et se déchire. Un tissu vivant se comporte de manière similaire, mais au lieu d'une déchirure, des bandes de cisaillement apparaissent — des zones étroites où les cellules commencent à glisser les unes sur les autres, comme des cartes dans un jeu qu'on coupe.

Le tentacule d'une pieuvre se courbe, attrape et s'étire — et tout cela sans un seul os. Le secret réside dans l'alternance de zones qui se contractent et de zones qui restent passives. Les scientifiques tentent depuis longtemps de reproduire cet exploit avec des matériaux artificiels, mais jusqu'à présent, ils ne pouvaient pas contrôler précisément la manière dont le matériau changerait de forme.

À l'intérieur de chaque cellule, il existe un échafaudage de filaments – comme des échafaudages de construction qui lui donnent sa forme et lui permettent de se déplacer.

Le cerveau de chaque personne est couvert de circonvolutions, comme une empreinte digitale — avec un motif unique. Lors de la démence, ce motif change, mais pour deux maladies similaires, Alzheimer et la démence à corps de Lewy, les modifications sont presque impossibles à distinguer à l'œil nu. Les médecins ont besoin d'un moyen fiable de les séparer, car les traitements diffèrent.

Les protéines sont les machines moléculaires de la vie. Elles se replient en formes tridimensionnelles complexes, comme une feuille de papier en origami. Mais si l'on plie le papier un peu différemment, on obtient une autre figurine. De même, une protéine peut adopter plusieurs formes, et cela détermine son fonctionnement.

L'élastique est tendu — et soudain, il claque. Dans le monde des atomes, on observe un phénomène similaire : la corde qui lie les particules peut se rompre. Dans cette nouvelle étude, des physiciens ont pris une chaîne d'atomes de Rydberg et ont suivi comment une telle corde se brise.

À l'intérieur de chaque muscle, il y a une équipe de rameurs : les protéines de myosine qui s'accrochent aux filaments d'actine, font un coup de rame, puis relâchent. Le carburant de ce coup de rame est la molécule d'ATP. Lorsque les rameurs travaillent en harmonie, le muscle se contracte et le corps bouge.

La membrane d'une cellule vivante n'est pas une carapace rigide, mais un film souple dans lequel sont incrustées des milliers de protéines, comme des raisins secs dans une pâte.

Chaque respiration et chaque contraction musculaire reposent sur un flux d'électrons qui traverse les protéines à l'intérieur des cellules. Ces protéines ne sont pas statiques : elles changent constamment de forme, comme un ressort qui se comprime et se détend.